Diangkat sebagai Patih Danureja II
Setelah kakeknya wafat pada 19 Agustus 1799, Tumenggung Mertonegara yang belum genap berusia 28 tahun diangkat menjadi patih menggantikan kakeknya dengan gelar Danureja II Ia menjabat sejak 9 September 1799 berdasarkan perjanjian antara Hamengkubuwana II dan VOC. Pada masa itu, pengangkatan dan pemberhentian patih di kesultanan Jawa, baik Kesultanan Yogyakarta maupun Kasunanan Surakarta Hadiningrat, harus dengan persetujuan dan perjanjian dengan Gubernur Jenderal Hindia Belanda.
Hamengkubuwana II tidak menyukai Danureja II selama menjabat sebagai patih karena ia dianggap terlalu lugu, naif dalam hal politik, tidak punya pengalaman administrasi, dan tidak tegas menghadapi lawan-lawannya dan para penG.K.R.itiknya. Ia dianggap tidak mampu menanggung beban jabatannya sesuai yang diinginkan oleh Hamengkubuwana II. Bahkan Danureja II sering diejek oleh sultan dengan menyebutnya sebagai lelaki yang belum dewasa dan memanggilnya dengan sebutan "anak laki-laki" (Bahasa Jawa: tholé). Residen Yogya, van Ijsseldijk (1786-1798), mengatakan selama menjadi asisten Danureja I, ia sebenarnya punya ketaatan dan ketakutan yang besar terhadap Sultan Hamengkubuwana II, sehingga urusan kesultanan lebih banyak berasal dari ide-ide pribadi Sultan dibanding aturan-aturan keadilan.
J.G. van den Berg yang menjabat sebagai Residen Yogya pada 1798-1803, menilai Danureja II sebagai administrator yang buruk dan lebih suka bersenang-senang dibanding melaksanakan tugasnya sebagai patih. Suatu ketika, Sultan Hamengkubuwana II memberikan denda yang berat karena ia lalai tidak menghadiri acara selametan untuk mendiang G.K.R. Bendara (putri ke-2 Sultan Hamengkubuwana I dan mantan istri Mangkunegara I) yang baru saja wafat. Bahkan konon ada cerita bahwa Danureja II dianggap ikut berperan menyediakan gadis muda bagi Hamengkubuwana III. Salah satu wanita itu diduga berasal dari Kraton Surakarta.
Ditambah lagi, Danureja II dianggap dekat dengan Belanda dan anak Hamengkubuwana II sekaligus pewaris takhta yang merupakan saudara iparnya, Sultan Hamengkubuwana III. Kedekatan Patih Danureja II dengan pihak Belanda, seperti Residen Yogya dan administator pemerintahan, adalah karena sumpah jabatan pengangkatan pepatih Dalem yang dilantik oleh Belanda sebagai perpanjangan tangan di kraton. Dalam hal hubungan dengan Sultan, Danureja II sangat berbeda dengan Danureja I yang mampu bersikap bijaksana dalam mengakomodasi kepentingan kesultanan Sultan Hamengkubuwana I, walaupun dilantik oleh Belanda. Selain itu, Danureja II adalah salah satu anggota golongan karajan, golongan yang mendukung Hamengkubuwana III naik takhta menggantikan ayahnya. Golongan dari kubu ini terdiri atas GRM Suraja (saat itu sudah menjadi adipati anom atau putra mahkota), Danureja II, BRM Antawirya, dan Tan Jin Sing. Hal tersebut merupakan ancaman bagi Hamengkubuwana II, yang karena hasutan salah satu istrinya, G.K.R. Kencana Wulan, yang berambisi ingin menjadikan anak menantunya, Pangeran Natadiningrat, putera dari Pangeran Natakusuma, sebagai pengganti kelak sehingga tindakan tersebut dianggap membangkang, merendahkan harga diri dan kehormatannya.
Dukungan Danureja II terhadap GRM Suraja juga menimbulkan banyak keresahan dan kekesalan Sultan Hamengkubuwana II dan membuat Danureja II dimusuhi banyak orang di istana, terutama kubu dari G.K.R. Kencana Wulan, diantaranya Pangeran Natakusuma, adik tiri Hamengkubuwana II, yang menjadi musuh bebuyutan Danureja II dan G.K.R. Kencono Wulan, permaisuri ketiga Hamengkubuwana II sekaligus besan Natakusuma. Putri sulung G.K.R. Kencana Wulan menikah dengan anak Natakusuma, Pangeran Natadiningrat. Kedua orang ini memiliki misi untuk menggulingkan Danureja II dan menyingkirkan GRM Suraja, serta mengangkat Natadiningrat sebagai penggantinya, sedangkan Pangeran Natakusuma sebagai pengganti Hamengkubuwana II. Terlebih lagi, dengan adanya Pemberontakan Raden Rangga pada 1810, Natakusuma dan Natadiningrat telah terlibat dalam pemberontakan sehingga harus diasingkan ke Semarang dan Cirebon. Saat mereka berhasil kembali ke Kesultanan Yogyakarta berkat bantuan Inggris, Hamengkubuwana II mencurigai Danureja II punya andil terkait pengasingan kedua pangeran itu.
Puncak kekesalan Sultan Hamengkubuwana II kepada Danureja II bermuara pada April 1810, ketika sultan meminta izin Daendels untuk memecat patihnya dan menggantikannya dengan Raden Tumenggung Sindunegara. Namun, hal itu ditolak Daendels karena Sindunegara dianggap terlalu tua dan kurang berbakat dalam administrasi untuk jabatan sepenting ini, dan pengangkatan tersebut dianggap sepihak dan tidak sah. Residen Surakarta, van Braam, mendapat tugas dari Daendels untuk mengembalikan hubungan sultan dengan patihnya, tetapi ia tidak berhasil mengubah pikiran sultan. Justru sebaliknya, Danureja II malah kehilangan sebagian besar kekuasaan dan tanggung jawabnya. Pada Oktober 1810, Danureja II kehilangan semua tanggung jawab administrasi internal yang diambil alih oleh Pangeran Natadiningrat. Perdana menteri kesultanan itu hanya diberi tugas mengatur urusan di mancanegara dan hubungan antara Kraton Yogyakarta dengan Kraton Surakarta dan pemerintah Hindia Belanda. Namun, ruang geraknya pun dibatasi, karena setiap melakukan kunjungan ke karesidenan, ia harus didampingi oleh Pangeran Natadiningrat dan Sindunegara sebagai wakilnya. Pada akhir Agustus 1810, Hamengkubuwana II juga menunjuk orang kepercayaannya dan mantan pengawal pribadinya, Raden Tumenggung Purwadipura, untuk menjadi asisten resmi sekaligus mengikuti gerak-gerik Danureja II. Ia bahkan dilarang melakukan ngabekten kepada Sultan Hamengkubawana II pada saat Hari Raya Idulfitri.
Pelucutan kekuasaan Danureja II tidak berlangsung lama. Pada November 1810, atas desakan Belanda yang akan melakukan tindakan tegas terhadap Sultan Hamengkubuwana II, akhirnya diumumkan bahwa Danureja II dikembalikan kekuasaannya secara penuh. Pangeran Natadiningrat kembali ke jabatannya semula.
Meninggal dunia
Setelah Inggris menginvasi Jawa dan menjadi penguasa pesisir Jawa melalui Kapitulasi Tuntang, Hamengkubuwana II melakukan manuver politik untuk mengambil alih takhta dari putranya, Pangeran Raja, dan membersihkan istana dari pejabat-pejabat pro-Belanda, termasuk membunuh Danureja II.
Pada 28 Oktober 1811, Danureja II dipanggil ke kraton. Namun, saat ia memasuki Gedhong Purwaretna, tepatnya di depan Diansela, ia disergap tujuh orang pejabat kraton yang dipimpin Tumenggung Sumadiningrat, saudara G.K.R. Kencana Wulan. Patih Danureja II pun meninggal dunia setelah dijerat dengan kain putih (lawe), cara membunuh yang umum dilakukan oleh bangsawan Jawa karena tidak menimbulkan darah dan meninggalkan bekas di tubuh. Oleh karena itu, Patih Danureja II dikenal dengan sebutan patih seda kedhaton atau patih seda lawe. Keesokan harinya, jasadnya dimakamkan di pemakaman Banyusumurup hingga masa pemerintahan Hamengkubuwana VI. Nama baiknya pun direhabilitasi, kemudian makamnya dipindahkan ke pemakaman keluarga Danureja di Mlangi pada 1865.
Pada 31 Oktober 1811, residen Yogyakarta saat itu, Pieter Engelhard, menerima laporan dari Pangeran Dipakusuma bahwa Danureja II dan ayahnya, Danukusuma I, telah dipecat meski ia sudah meninggal terbunuh. Dipakusuma juga meneruskan surat resmi Hamengkubuwana II bahwa Danureja II dipecat karena kekurangan-kekurangannya, di antaranya dianggap menodai agama Islam (angresahi agami Islam), merendahkan martabat kerajaan sultan, dan melanggar perintahnya sebagai penguasa dan perintah mendiang Sultan Mangkubumi (Hamengkubuwana I). Engelhard baru menerima kabar kematian Danureja II pada 7 November 1811, sekitar 10 hari dari kematiannya.
Posisi patih Danureja II digantikan pamannya, Raden Tumenggung Sindunegara, yang bergelar Kyai Adipati Danureja pada November 1811. Pengangkatan Kyai Adipati Danureja tidak diakui oleh Inggris, sehingga tak lama kemudian ia digantikan oleh Raden Tumenggung Sumadipura, bupati Japan, yang bergelar Danureja III (1813-1847).