Kehidupan awal
D.I. Pandjaitan lahir pada tanggal 9 Juni 1925 di Lumbantor Natolutali, wilayah yang sekarang termasuk ke dalam Kecamatan Silaen, Kabupaten Toba, Sumatera Utara. Ia lahir pada pukul 3.30 dini hari dan diberi nama Donald Isac Pandjaitan setelah disambut dengan acara syukuran yang dipimpin oleh kakeknya, Raja Malintang. Pendidikan formalnya diawali di sekolah dasar yang dikelola oleh Zending. Setelah dua tahun bersekolah di situ, ayahnya mendaftarkannya ke Christelijke HIS di Narumonda. Setamatnya dari Christelijke HIS, Donald melanjutkan pendidikannya di Christelijke MULO di Tarutung.
Pada tanggal 13 Maret 1942, Pasukan Jepang mendarat di Medan dan segera menyebar hingga ke Tapanuli. Beberapa hari kemudian, Pasukan Jepang telah menduduki Tarutung. Oleh karena antipati terhadap sekolah yang bernuansa Barat, Jepang menutup Christelijke MULO di Tarutung. Pada saat itu, Donald masih menempuh pendidikan di kelas 3. Akibatnya, ia harus putus sekolah dan beralih menjadi pedagang bawang dan lembu asal Tarutung di Barus.
Merantau ke Riau
Dengan berbekalkan rapor MULO, ijazah HIS, dan kemampuan berbahasa Belanda, Inggris, dan Jerman, Donald memutuskan untuk merantau ke Pekanbaru. Dalam perjalanan, ia sempat ditahan oleh polisi di Bangkinang. Ia dicurigai sebagai mata-mata Blok Sekutu karena kamus bahasa Belanda-Inggris yang dibawanya. Kesalahpahaman itu kemudian dapat diselesaikan oleh atasan kerabatnya yang datang langsung ke Bangkinang dan menjemput Donald ke Pekanbaru. Pada saat itu, Matsumura, Kepala Perusahaan Ataka Sanyo Kabushiki Kaisha, yang merupakan atasan tempat kerabatnya bekerja, sedang membutuhkan pegawai baru yang menguasai bahasa Inggris dan Jepang. Dua bulan sejak kejadian itu, Matsumura memanggil Donald untuk bekerja di perusahaannya. Donald bekerja di sana selama dua bulan. Setelah itu, ia dipindahkan ke kantor cabang perusahaan di Siak Sri Indrapura.
Pada tahun 1943, Donald bekerja untuk perusahaan kayu yang dikelola seorang Jepang bernama Oba. Perusahaan itu didirikan di Buatan, daerah hilir Sungai Siak, dan diberi nama L.40 atau Panglong 40. Donald ditunjuk sebagai wakil manajer yang mengawasi 80 orang pekerja. Semua pekerja diwajibkan mengikuti pelajaran baris berbaris dan latihan dasar kemiliteran Jepang. Latihan itu dipimpin oleh Donald dengan menggunakan aba-aba berbahasa Jepang. Pada saat itulah, Donald ingin menjadi prajurit militer. Ia mulai mengikuti berita-berita tentang penerimaan calon opsir Gyugun. Ketika pendaftaran dibuka, Donald segera memberitahukan niatnya kepada Oba. Awalnya, Oba sangat keberatan, tetapi karena Donald bersikeras ingin mendaftar, Oba akhirnya menerima keputusan Donald dan mengadakan acara perpisahan yang meriah untuknya.
Donald diterima di Sekolah Opsir Gyugun di Pekanbaru pada tanggal 14 Februari 1944. Selesai latihan, ia ditugaskan sebagai anggota Gyugun di Pekanbaru, Riau hingga Indonesia memproklamasikan kemerdekaannya.
Ketika Indonesia sudah meraih kemerdekaan, ia bersama para pemuda lainnya membentuk Tentara Keamanan Rakyat (TKR) yang kemudian menjadi TNI. Di TKR, ia pertama kali ditugaskan menjadi komandan batalyon, kemudian menjadi Komandan Pendidikan Divisi IX/Banteng di Bukittinggi pada tahun 1948. Seterusnya menjadi Kepala Staf Umum IV (Supplay) Komandemen Tentara Sumatera. Dan ketika Pasukan Belanda melakukan Agresi Militernya yang Ke II, ia diangkat menjadi Pimpinan Perbekalan Perjuangan Pemerintah Darurat Republik Indonesia (PDRI).
Seiring dengan berakhirnya Agresi Militer Belanda II, Indonesia pun memperoleh pengakuan kedaulatan. Pandjaitan sendiri kemudian diangkat menjadi Kepala Staf Operasi Tentara dan Teritorium (T&T) I Bukit Barisan di Medan. Selanjutnya dipindahkan lagi ke Palembang menjadi Kepala Staf T & T II/Sriwijaya.
Setelah mengikuti kursus Militer Atase (Milat) tahun 1956, ia ditugaskan sebagai Atase Militer RI di Bonn, Jerman Barat. Ketika masa tugasnya telah berakhir sebagai Atase Militer, ia pun pulang ke Indonesia. Namun tidak lama setelah itu yakni pada tahun 1962, perwira yang pernah menimba ilmu pada Associated Command and General Staff College, Amerika Serikat ini, ditunjuk menjadi Asisten IV Menteri/Panglima Angkatan Darat (Men/Pangad). Jabatan inilah terakhir yang diembannya saat peristiwa Gerakan 30 September terjadi.
Ketika menjabat Asisten IV Men/Pangad, ia membongkar rahasia pengiriman senjata dari Republik Rakyat Tiongkok (RRT) untuk Partai Komunis Indonesia (PKI). Dari situ diketahui bahwa senjata-senjata tersebut dimasukkan ke dalam peti-peti bahan bangunan yang akan dipakai dalam pembangunan gedung CONEFO (Conference of the New Emerging Forces). Senjata-senjata itu diperlukan PKI yang sedang giatnya mengadakan persiapan untuk mempersenjatai angkatan kelima yang terdiri dari para buruh dan petani.[8]