Perusahaan ini memulai sejarahnya pada masa pendudukan Belanda di Indonesia dengan nama NV Architecten-Ingenieursbureau Fermont te Weltevreden en Ed. Cuypers te Amsterdam. Setelah Indonesia merdeka, pada tanggal 29 Maret 1961, pemerintah resmi menasionalisasi perusahaan ini dan menetapkan perusahaan ini menjadi sebuah perusahaan negara (PN) dengan nama PN Virama Karya.[3]
Pada tanggal 15 Maret 1972, pemerintah mengubah status perusahaan ini menjadi persero.[4] Pada tahun 2019, perusahaan ini memindahkan kantor cabangnya di Pulau Sumatra, dari Padang ke Medan.[1][2] Pada tahun 2025, nama dari perusahaan ini diubah menjadi seperti sekarang, dengan bisnisnya juga diperluas ke bidang perikanan.[5]
Pada bulan Maret 2025, pemerintah menyerahkan mayoritas saham perusahaan ini ke Biro Klasifikasi Indonesia, sebagai bagian dari upaya untuk membentuk holding operasional di internal Danantara.[6]
