Zaeni yang juga merupakan seorang santri dan pernah memperdalam ilmu agama di Pondok Pesantren Darusaadah, Buluskritig, Petanahan, Kebumen ini juga aktif di organisasi politik. Ia mengawali kariernya dengan menjadi bagian dari organisasi sayap PKB dengan menjabat ketua DKC Garda Bangsa pada periode 1999–2004. Zaeni Mifath juga sempat menjadi Wakil Ketua DPC PKBKabupaten Kebumen pada 2009–2014. Zaeni juga pernah menduduki kursi Dewan Perwakilan Rakyat Daerah Kabupaten Kebumen pada periode 2014–2019. Sedangkan, dirinya menjadi Ketua DPC PKB sejak tahun 2015 hingga saat ini.
