Stasiun Padang Panjang dulunya merupakan percabangan menuju 3 kota, yaitu menuju Bukittinggi dan Payakumbuh dijalur Jalur Kereta api Padang Panjang–Bukittinggi–Payakumbuh, menuju Padang lewat lembah Anai, dan menuju Sawahlunto lewat Solok. Namun jalur menuju Bukittinggi dan Payakumbuh dinonaktifkan lebih awal, yaitu 1973 dan 1986. Setelah direaktivasi, jalur Padang panjang–Sawahlunto aktif kembali, tetapi tidak bisa sampai ke Padang karena masih belum diperbaiki, kemudian pada tahun 2014 kembali nonaktif. Pada tahun[kapan?], stasiun ini rencananya diaktifkan kembali dengan proyek trans sumatra, batu ballast sudah di tebar, dan rel diganti, tetapi mangkrak kembali hingga kini.
Stasiun Padang Panjang mempunyai subdepo lokomotif, yang digunakan menyimpan lokomotif BB204. Selain itu, stasiun ini dahulu menjadi pemberhentian kereta api batu bara dari pertambangan batu bara Ombilin di Sawahlunto yang hendak menuju Pelabuhan Teluk Bayur, yang sudah tidak aktif sejak awal tahun 2003 karena habisnya batu bara. Bekas gerbong-gerbong pengangkut batu bara masih disimpan dan dirawat dengan baik di stasiun ini.[3][4]