Stasiun Neppu dibuka pada tanggal 3 November 1903. Dengan privatisasi Kereta Api Nasional Jepang (JNR) pada 1 April 1987, stasiun ini berada di bawah kendali JR Hokkaido.
Statistik Penumpang
Pada tahun fiskal 1992, stasiun ini digunakan oleh rata-rata 44 penumpang setiap hari.[1]