Awalnya stasiun ini memiliki tiga jalur kereta api dengan jalur 2 merupakan sepur lurus.[3] Sejak dibangunnya jalur ganda ruas Telagasari–Cirebon pada tahun 2004–2007,[4] jumlah jalur di stasiun ini bertambah menjadi empat dengan jalur 2 dijadikan sebagai sepur lurus arah Cirebon saja dan jalur 3 dijadikan sebagai sepur lurus arah Cikampek.
Tidak ada kereta api yang berhenti di stasiun ini, kecuali jika terjadi penyusulan antarkereta api.
Ke arah selatan stasiun ini, sebelum Stasiun Arjawinangun, terdapat Stasiun Kaliwedi yang sudah tidak aktif sejak jalur ganda Haurgeulis–Cirebon beroperasi.