Stasiun ini tergolong unik, seperti halnya Stasiun Pesantren yaitu antara stasiun dan emplasemen rel dibatasi oleh jalan raya. Di selatan Stasiun Cukir kira kira sejauh 500–800 m terdapat sebuah wesel, yang kemungkinan menghubungkan jalur KSM menuju Pabrik Gula Cukir. Diperkirakan, stasiun tersebut didirikan sebagai transit antara jalur milik PG tersebut menuju jalur KSM.[3]