Stasiun ini pada awalnya memiliki tiga jalur kereta api dengan jalur 2 merupakan sepur lurus. Setelah jalur ganda pada segmen Petarukan-Sragi resmi dioperasikan mulai akhir September 2012,[5] jumlah jalurnya bertambah menjadi empat. Jalur 2 dijadikan sebagai sepur lurus untuk arah Cirebon saja, jalur 3 dijadikan sebagai sepur lurus hanya untuk arah Semarang, dan jalur 4 ditambahkan sebagai sepur belok baru di sisi selatan stasiun. Terdapat pula menara tandon air peninggalan zaman Hindia Belanda yang berada di sisi timur stasiun.
Layanan kereta api
Stasiun Comal pernah melayani operasional kereta api Kamandaka sejak pemberlakuan grafik perjalanan kereta api tahun 2015.[6] Namun, KA ini dihentikan operasinya karena armadanya digunakan untuk pengoperasian kereta api Joglosemarkerto pada tanggal 1 Desember 2018.[7] Sebagai akibatnya, stasiun ini tidak melayani pemberhentian penumpang kereta api selama hampir delapan tahun. Barulah mulai 27 April 2026, layanan penumpang di stasiun ini diaktifkan kembali dengan melayani pemberhentian sebagian perjalanan kereta api Joglosemarkerto, Kaligung, dan Kamandaka.[8] Stasiun ini masih melayani penyusulan antarkereta api.
Berikut ini adalah layanan kereta api yang berhenti di stasiun ini sesuai Gapeka 2025 revisi per 27 April 2026.[9]
