Stasiun ini memiliki tiga jalur kereta api. Awalnya, jalur 2 merupakan sepur lurus ditambah satu sepur badug menyambung di jalur 1.[3] Sejak beroperasinya jalur ganda segmen Haurgeulis–Telagasari per 8 Januari 1997,[4] jalur 2 dijadikan sepur lurus arah Cirebon, sedangkan jalur 3 dijadikan sepur lurus arah Cikampek. Tidak ada kereta api yang berhenti di stasiun ini, kecuali jika terjadi penyusulan antarkereta api.
Ke arah barat sebelum stasiun ini, sebelum Stasiun Haurgeulis, tedapat Halte Cipedang yang sudah dinonaktifkan karena halte tersebut tidak terlalu jauh dari stasiun ini. Bekas halte tersebut masih ada, tetapi kondisinya kini sudah rusak.
Insiden
Pada tanggal 18 Mei, KA 1 dihadang dan dirampok oleh gerombolan pengacau saat di Stasiun Cilegeh. Beberapa tentara yang naik kereta api tersebut menjadi korban. Berikutnya, 19 Oktober 1951, di area Stasiun Cilegeh terjadi baku tembak antara TNI dengan gerombolan pengacau. Gerombolan tersebut diyakini terafiliasi dengan DI/TII.[5][6]
