Cabang
Ada 5 cabang utama berupa pelabuhan perikanan yaitu:
1. Cabang Jakarta yang beroperasi di Pelabuhan Perikanan Samudera Nizam Zachman, Jakarta dan memiliki unit di Pelabuhan Perikanan Nusantara Tanjung Pandan, Bangka Belitung
2. Cabang Belawan yang beroperasi di Pelabuhan Perikanan Samudera Belawan, Medan, Sumatera Utara dan memiliki unit di Pelabuhan Perikanan Lampulo, Aceh
3. Cabang Pekalongan yang beroperasi di Pelabuhan Perikanan Nusantara Pekalongan, Jawa Tengah
4. Cabang Brondong yang beroperasi di Pelabuhan Perikanan Nusantara Brondong, Lamongan, Jawa Timur dan memiliki unit di Pelabuhan Perikanan Nusantara Prigi, Trenggalek, Jawa Timur
5. Pelabuhan Perikanan Nusantara Pemangkat, Sambas, Kalimantan Barat.
Serta 1 cabang khusus yang mengelola usaha budidaya di Karawang, Jawa Barat. Selain cabang-cabang tersebut, Perindo juga memiliki unit-unit kerja yang tersebar di seluruh Indonesia dari Aceh sampai Papua. Total ada 23 unit kerja, antara lain di Aceh Barat Daya, Lampulo, Simeulue, Padang, Bengkayang, Singaraja, Makassar, Bitung, Tahuna, Bacan, Ternate, Tual, Sorong, dan Merauke.
Lini Usaha
Perindo memiliki 3 lini usaha utama yaitu:
1. Usaha pelabuhan, meliputi:
a. Pengelolaan sarana dan prasarana pelabuhan perikanan meliputi cold storage, pabrik es, pengolahan dan pengepakan ikan; Pusat Pemasaran Ikan (PPI), Tempat Pelelangan Ikan (TPI), Pasar Ikan Modern (PIM), sewa lahan, ruang dan bangunan;
b. Pelayanan jasa tambat labuh dan bongkar muat;
c. Fasilitas penunjang termasuk air, listrik, dan BBM;
d. Bengkel dan galangan kapal;
e. Perbekalan melaut
2. Penangkapan, perdagangan dan pengolahan ikan, meliputi:
a. Penangkapan ikan berupa operasi kapal tangkap dan kapal angkut milik sendiri maupun kerjasama dengan pihak ketiga;
b. Perdagangan ikan dan udang berupa pembelian ikan dari nelayan dan udang dari petambak, lalu memasok ikan dan udang tersebut untuk kebutuhan industri pengelolaan ikan baik di dalam maupun luar negeri (ekspor);
c. Pengolahan ikan berupa pemrosesan ikan dan udang di Unit Pengolahan Ikan (UPI) milik sendiri maupun kerjasama, antara lain di Tanjung Pandan (rajungan), Cirebon (rajungan dan demarsal), Rembang (ikan pelagis), Makassar (demarsal), Ternate dan Sorong (tuna), dan Merauke (demarsal).
3. Budidaya, meliputi:
a. Tambak udang. Hingga tahun 2018 ini, Perindo mengelola tambak udang di Aceh Barat Daya, Karawang, Kendal, Pekalongan, Bengkayang, dan Barru.
b. Keramba Jaring Apung (KJA) membudidayakan ikan kerapu di 450 holes di Kabupaten Buleleng, Bali.
c. Pembenihan udang
Selain itu, Perindo sedang dalam pengembangan usaha baru produksi pabrik pakan[9] yang ditargetkan beroperasi November 2018. Pabrik pakan terletak di Subang, Jawa Barat, dengan total kapasitas produksi 60.000 ton per tahun untuk pakan ikan dan udang.
Perindo terus berusaha meningkatkan kapasitas produksinya di enam pelabuhan perikanan yang dikelola maupun di luar pelabuhan yang dikelola oleh Perindo, di antaranya:
1. Menambah armada kapal. Tahun 2018 rencana menambah 20 kapal, 10 dari hasil investasi sendiri dan 10 dari hasil kerjasama.
2. Mulai mengoperasikan fasilitas cold storage dan UPI baru antara lain di Belawan, Brondong, Pemangkat, Rembang, Pati, serta UPI dan cold storage yang dibangun oleh KKP dan rencananya dikerjasamakan pengelolaannya dengan Perindo.
3. Meningkatkan kualitas jasa docking dengan pemanfaatan docking baru di Belawan dan rencana perbaikan docking di Muara Baru.
Perindo menjalin kerjasama dengan berbagai pihak, diantaranya:
1. Menjalin kerjasama dengan koperasi[10]
2. Kerjasama dengan negara luar untuk meningkatkan ekspor[11]
3. Meningkatkan investasi di berbagai sektor perikanan dan kelautan[12]
