Bomnitrogliserin ditanam sebagai bagian dari Konfrontasi Indonesia–Malaysia, konflik antara Indonesia dan Malaysia mengenai penolakan Indonesia terhadap pembentukan Malaysia. Pada saat itu, Singapura masih merupakan negara otonom di Malaysia. Mereka awalnya diperintahkan untuk mengebom pembangkit listrik tetapi malah pergi ke MacDonald House. Saat itu, gedung tersebut digunakan oleh Hongkong and Shanghai Bank (HSBC), Komisi Tinggi Australia, dan Konsulat Jepang. Kedua marinir tersebut kemudian berusaha melarikan diri dari Singapura tetapi ditangkap oleh Polisi Penjaga Pantai. Mereka didakwa melakukan pembunuhan terhadap tiga korban, meski pengeboman itu sendiri tidak disebutkan dalam dakwaan. Mereka diadili di Pengadilan Tinggi dan setelah persidangan selama 13 hari, dinyatakan bersalah atas tuduhan pembunuhan dan dijatuhi hukuman mati. Meskipun ada banyak permohonan, termasuk permohonan grasi dari Presiden IndonesiaSoeharto, mereka digantung pada 17 Oktober 1968, menyebabkan sekitar 300 mahasiswa menggerebek Kedutaan Besar Singapura di Jakarta.
Setelah pemboman tersebut, langkah-langkah keamanan untuk gedung-gedung ditingkatkan, terutama dengan paket-paket. Pemboman tersebut merenggangkan hubungan bilateral antara Indonesia dan Singapura hingga tahun 1973, ketika Perdana Menteri SingapuraLee Kuan Yew pergi ke Indonesia dan menaburkan bunga di atas kuburan para marinir, yang sebagian besar memulihkan hubungan bilateral antara kedua negara. Hubungan bilateral Singapura–Indonesia kembali terdampak pada tahun 2014 setelah penamaan KRI Usman Harun diambil dari nama Harun dan Usman. Indonesia secara resmi meminta maaf atas penamaan tersebut namun mengklarifikasi bahwa pemberian nama tersebut tidak dapat diubah. Sebuah peringatan di Dhoby Ghaut Green yang didedikasikan untuk para korban Konfrontasi dibuka pada tahun 2015.[2][3]
