Sebagai hasil dari perjanjian tersebut, Singapura secara permanen menjadi berbeda dan terpisah dari Malaysia mulai tanggal 9 Agustus 1965, dan menjadikan Perjanjian Malaysia tidak berlaku sehubungan dengan Singapura. Singapura juga menjadi anggota Perserikatan Bangsa-Bangsa beberapa minggu kemudian pada tanggal 20 September dengan keputusan bulat.[2]Undang-Undang Singapura 1966 mengikuti perjanjian tersebut setahun setelahnya, yang mengakui Singapura ke dalam Persemakmuran Bangsa-Bangsa dengan efek retroaktif dari perjanjian tersebut.[3]
Pada tanggal 16 September 1963, Proklamasi Malaysia diumumkan, yang menyatakan penggabungan empat negara: Malaya, Borneo Utara (Sabah), Sarawak, dan Singapura – tiga negara terakhir sudah menjadi koloni yang memerintah sendiri pada saat ini – menjadi entitas baru Malaysia. Dengan ini, Singapura kemudian bergabung dengan Malaysia sebagai negara otonom, bersama dengan Sarawak dan Sabah.
Warisan
Persatuan yang berumur pendek ini akan terbukti lemah karena berbagai faktor, termasuk perbedaan politik dan ekonomi yang mendalam, dan akan berakhir hanya berlangsung selama 1 tahun, 10 bulan dan 24 hari sebelum perjanjian ini berlaku efektif pada tanggal 9 Agustus 1965.[4] Sementara itu, Sarawak dan Sabah tetap menjadi bagian dari Malaysia.