Menyusul Anschluss Austria pada Maret 1938 dan Perjanjian Munich pada September tahun yang sama, Adolf Hitler mencaplok Sudetenland dari Cekoslowakia pada 1 Oktober, memberikan Jerman kendali atas benteng perbatasan Cekoslowakia yang luas di wilayah ini. Penggabungan Sudetenland ke Jerman meninggalkan sisa Cekoslowakia ("Rest-Tschechei"code: de is deprecated [a]) dengan perbatasan barat laut yang sebagian besar tidak dapat dipertahankan. Hal ini juga mencakup wilayah perbatasan mayoritas Polandia Trans-Olza yang dianeksasi oleh Cekoslowakia pada tahun 1919 yang sudah diduduki dan dianeksasi oleh Polandia setelah sengketa teritorial selama dua dekade. Akhirnya, pada Putusan Arbitrase Wina Pertama memutuskan untuk memberikan kepada Hungaria wilayah selatan Slovakia dan Rutenia Karpatia besar yang dihuni oleh orang Hungaria.
Slovakia memisahkan diri pada 14 Maret 1939, dan Hungaria mencaplok sisa Rutenia Karpatia pada hari berikutnya. Pada 15 Maret, selama kunjungannya ke Berlin, presiden Cekoslowakia Emil Hácha dipaksa untuk menandatangani pelepasan kemerdekaan negaranya. Pada 16 Maret, Hitler memproklamirkan Protektorat Bohemia dan Moravia dari Kastil Praha, menjadikan Hácha sebagai Presiden Negara yang hanya sebagai simbol, tetapi hampir tidak memiliki kekuasaan apapun. Cekoslowakia diduduki oleh Wehrmacht, dan kekuasaan sebenarnya berada di tangan perwakilan pribadi Hitler, Reichsprotektor.[1]
Selama pendudukan, antara 294.000[1] hingga 320.000[2] warga dibunuh, mayoritas dari mereka adalah Yahudi.[3] Pembunuhan pembalasan sangat kejam setelah pembunuhan Reinhard Heydrich, termasuk Pembantaian Lidice yang terkenal kejam. Sejumlah besar orang direkrut untuk kerja paksa di bawah kekuasaan Jerman selama Perang Dunia II.
Pada Maret 1944, Jerman memperluas pendudukan Cekoslowakia ke Hongaria dalam Operasi Margarethe, kemudian ke Slovakia pada Agustus 1944 setelah Pemberontakan Nasional Slovakia. Pendudukan berakhir dengan penyerahan Jerman pada akhir Perang Dunia II.
Crowhurst, Patrick (2013). Hitler and Czechoslovakia in World War II: Domination and Retaliation (dalam bahasa Inggris). Bloomsbury Publishing. ISBN978-0-85773-447-1.