Sebelum pecahnya Perang Dunia II di Pasifik, Pulau Borneo dibagi menjadi lima wilayah. Empat wilayah berada di bagian utara dan di berada bawah kendali Britania Raya – Sarawak, Brunei, Labuan, dan Borneo Utara Britania; sementara sisanya, yang merupakan sebagian besar pulau, berada di bawah yurisdiksi Hindia Belanda.
Pada 16 Desember 1941, pasukan Jepang mendarat di Miri, Sarawak, setelah berlayar dari Teluk Cam Ranh di Indochina Prancis. Pada 1 Januari 1942, Angkatan Laut Kekaisaran Jepang mendarat tanpa perlawanan di Labuan.[4] Pasukan Jepang lainnya mengambil alih Labuan yang tidak dijaga pada 3 Januari, di mana mereka melanjutkan serangan dan mendarat di Mempakul di wilayah Borneo Utara.[5] Setelah negosiasi mengenai penyerahan Jesselton dengan perwira yang bertanggung jawab di Jesselton dan menunggu pasukan tambahan, Jesselton diduduki oleh Jepang pada 6 Januari melalui pasukan Jepang yang masuk melalui kereta api dari Beaufort.[5] Namun, Jepang membutuhkan waktu hingga akhir bulan untuk menaklukkan seluruh wilayah Borneo Britania. Jepang kemudian mengganti nama bagian utara menjadi Borneo Utara (北ボルネオcode: ja is deprecated , Kita Boruneo), Labuan menjadi Pulau Maida (前田島code: ja is deprecated , Maeda-shima) dan wilayah Belanda tetangga menjadi Borneo Selatan (南ボルネオcode: ja is deprecated , Minami Boruneo).[6][7][8] Untuk pertama kalinya dalam sejarah modern, seluruh Borneo berada di bawah satu pemerintahan.[9]
Borneo Britania Raya diduduki oleh Jepang selama lebih dari tiga tahun. Mereka secara aktif mempromosikan Japanisasi penduduk lokal dengan mewajibkan mereka untuk mempelajari bahasa dan adat istiadat Jepang. Jepang membagi Borneo Utara menjadi lima administrasi provinsi (shus) dan membangun landasan udara. Beberapa kamp tawanan perang dioperasikan oleh Jepang. Tentara Sekutu dan sebagian besar pejabat kolonial ditahan di sana, bersama dengan anggota gerakan bawah tanah yang menentang pendudukan Jepang. Sementara itu, pemimpin-pemimpin Melayu lokal dipertahankan dalam posisi mereka di bawah pengawasan Jepang, dan banyak pekerja asing dibawa ke wilayah tersebut.
Pada akhir tahun 1945, pasukan komando Australia dikirim ke pulau tersebut oleh kapal selam Amerika Serikat, dengan Unit Khusus Z Sekutu melakukan operasi intelijen dan melatih ribuan penduduk asli untuk berperang melawan Jepang dalam perang gerilya di Kampanye Borneo sebagai persiapan untuk kedatangan misi pembebasan utama Sekutu. Setelah pendaratan di Borneo Utara dan Labuan pada 10 Juni 1945 oleh gabungan pasukan Australia dan Amerika Serikat, pulau Borneo dibebaskan. Administrasi Militer Britania secara resmi mengambil alih dari Jepang pada 12 September 1945.
Rahman, Muhammad A. (1966). Rangkaian tawarikh negeri sabah (dalam bahasa Malay). Vol.Volume 2 of Siri Pustaka Sabah. Al-Ahmadiah Press. Diakses tanggal 10 March 2014. Pemeliharaan CS1: Bahasa yang tidak diketahui (link)
Watt, Donald Cameron (1985). Pritchard, R. John; Zaide, Sonia M. (ed.). The Tokyo war crimes trial: index and guide. Vol.Volume 3 of Tokyo war crimes trial: the comprehensive index and guide to the proceedings of the Internat. Military Tribunal for the Far East, index and guide / annot., comp. and ed. by R. John Pritchard. Garland. ISBN0824047745. Diakses tanggal 10 March 2014. ;
Wong, Danny Tze-Ken (2004). Historical Sabah: The Chinese. Vol.Volume 2 of Historical Sabah. Natural History Publications (Borneo). ISBN9838121045. Diakses tanggal 10 March 2014.