Pelabuhan Merauke adalah sebuah pelabuhan yang terletak di Kota Merauke, provinsi Papua Selatan. Pelabuhan ini memiliki sejumlah kapal terpantau sandar di dermaga pelabuhan dan mempunyai panjang dermaga: 158 m dengan luas gudang terbuka: 600 m². Beberapa kapal yang biasa bersandar di sini adalah Kapal Perintis KM. ASYA RAYA, Kapal Perintis SANUS 47, dan Kapal Kontener PULAU LAYANG. Terletak di ujung timur Indonesia, pelabuhan Merauke ini mendukung distribusi hasil bumi serta memperlancar arus barang menuju kawasan Indonesia timur dan Australia, lokasinya berada di koordinat: 8°28′43″S140°23′11″E / 8.478538°S 140.3864128°E / -8.478538; 140.3864128.