Pelabuhan ini terletak di lokasi strategis, karena berbatasan langsung dengan Malaysia dan Singapura. Sehingga membuat Pelabuhan Tanjung Balai Karimun berperan penting secara aktivitas ekonomi dan angkutan laut baik angkutan kapal barang maupun kapal penumpang.[butuh rujukan]
Pelabuhan Tanjung Balai Karimun dibangun sejak 1958. Pada 1968, pelabuhan ini merupakan salah satu dari tiga pelabuhan bea cukai yang dikenal dengan nama "Boom Pendek", karena disinilah tempat bersandarnya kapal patroli bea cukai wilayah kerja Kanwil II Tanjung Balai Karimun.[butuh rujukan]
Pada 1970-an, Pelabuhan Tanjung Balai Karimun hanya digunakan sebagai transit kapal-kapal dagang yang singgah untuk mengisi perbekalan dan melakukan jual beli. Pada 1980-an, kapal-kapal penumpang besar tidak bisa bersandar di pelabuhan. Maka untuk untuk bisa naik kapal penumpang tersebut harus terlebih dahulu menggunakan perahu untuk sampai ke tepian kapal. Pada 1996, berdasarkan Keputusan Menteri Perhubungan Nomor KM. 42 tahun 1996, Pelabuhan Tanjung Balai Karimun berubah status menjadi Kantor Administrator Pelabuhan Kelas IV.[butuh rujukan]
.png){kind=small}