Pelabuhan Atapupu adalah salah satu pelabuhan di Nusa Tenggara Timur, Indonesia. Pelabuhan ini sedang didorong menjadi Pelabuhan Transit bagi barang-barang yang akan diantar ke Timor Leste maupun sebaliknya ke Indonesia. Letaknya di tapal batas NKRI yang hanya 15km dari perbatasan RI - RDTL, telah membawa banyak pertumbuhan ekonomi di wilayah Kabupaten Belu khususnya di Kota Atambua.
