Hewan pengerat malagasi adalah anggota dalam subfamili Nesomyinae.[1] Hewan-hewan ini menjadi satu-satunya jenis hewan pengerat asli Madagaskar, yang hadir dalam berbagai bentuk dan ukuran, serta mendiami berbagai jenis relung ekologi. Terdapat anggota yang menyerupai tikus, gerbil, dan bahkan kelinci, dengan varietas arboreal, terestrial dan semi-fosorial.
Hewa-hewan ini berkerabat paling dekat dengan beberapa jenis hewan pengerat muroid di dataran utama Afrika. Beberapa ahli filogenetika molekuler menganggap klad ini sebagai familinya sendiri, Nesomyidae. Ahli-ahli lainnya menempatkan Nesomyinae ke dalam famili yang besar, Muridae, beserta semua anggota superfamili Muroidea.