YLBHI dan Kontras
Karier Munarman dimulai saat ia bergabung dengan Yayasan Lembaga Bantuan Hukum Indonesia (YLBHI) di Palembang sebagai sukarelawan pada tahun 1995, kemudian dipromosikan sebagai Kepala Operasional organisasi yang sama pada tahun 1997.[8]
Kemudian ia beralih menjadi Koordinator Kontras Aceh pada tahun 1999-2000 dan tinggal disana.[5][8] Karier ini berlanjut hingga ia menduduki posisi Koordinator Badan Pekerja Kontras di mana ia kemudia berelokasi ke Jakarta dari Aceh.[5][8]
Pada bulan September 2002, Munarman terpilih sebagai Ketua Yayasan Lembaga Bantuan Hukum Indonesia (YLBHI) setelah YLBHI mengalami kekosongan kepemimpinan selama sembilan bulan.[9] Saat terpilih Munarman unggul dengan perbandingan suara 17 dari 23 orang, mengalahkan Daniel Panjaitan yang saat itu menjabat Wakil Direktur YLBHI Jakarta.[9] Munarman sendiri dicalonkan oleh LBH cabang Palembang, Banda Aceh, dan Lampung, sementara Daniel dicalonkan oleh LBH Semarang dan Jakarta.[8] Munarman dilantik pada bulan berikutnya dan berjanji akan menyatukan anggota-anggota yayasan sebagai langkah pertamanya dan ia dilantik pada bulan Oktober 2002.
Ketua sebelumnya Bambang Widjojanto diberhentikan oleh dewan pengawas YLBHI karena mengusulkan untuk mereformasi yayasan menjadi asosiasi yang lebih berpihak pada keanggotaan.[10] Hal ini dilakukan sebagai kritik kepada Adnan Buyung Nasution, salah satu pendiri dan ketua dari Dewan Pengawas berpindah haluan dan membela seorang pejabat militer senior yang teridentifikasi sebagai pelaku pelanggaran HAM berat di Timor Timur pada tahun 1999 dengan alasan profesionalisme.[10]
Pemecatan Bambang kemudian diikuti dengan pengunduran diri Wakil Ketua YLBHI, Munir.[10] Kritik lalu muncul di YLBHI karena Dewan Pengawas lalu langsung menyiapkan tim untuk memilih ketua yang baru. Kritik paling vokal disuarakan oleh Munarman dan hampir saja posisinya dalam Dewan Pengurus dicopot.[10] Dalam debat publiknya Munarman menyatakan,
Untuk membangun demokrasi, kita harus mencari tahu siapa musuh kita, dan berteman... Perbedaan di antara kita adalah bagian dari tradisi. YLBHI tidak akan terpecah karena perbedaan.[9]
Pada Juli 2005 Makamah Konstitusi Indonesia menolak Tinjauan Yuridis yang diajukan oleh Munarman dan kawan-kawan yang tergabung dalam Tim Advokasi Rakyat untuk Hak atas Air terhadap Peraturan Pemerintah No. 7 Mengenai Sumber Daya Air (Peraturan Nomor 7 Tahun 2004) yang dianggap melanggar UUD 1945 [11]
Jabatannya sebagai Ketua YLBHI terhenti pada tahun 2006 dengan dilantiknya Patra M. Zen sebagai Ketua Umum Yayasan Lembaga bantuan Hukum Indonesia untuk periode 2006-2011.[12]
Hizbut Tahir Indonesia
Pada bulan Juni 2006 Munarman menyatakan akan melawan apabila dipecat sebagai Ketua Dewan Pengurus YLBHI Indonesia dan berjanji tidak akan mundur.[13] Alasan pemecatannya adalah karena pemikiran dan sikapnya yang radikal, ia menolak Pancasila, UUD 1945, Negara Kesatuan Republik Indonesia (NKRI) sebagai sistem demokrasi Indonesia, dengan keterlibatannya sebagai tokoh Hizbut Tahir Indonesia (HTI).
Selain itu, juga atas pernyataannya di atas spanduk yang dipampang dengan wajahnya di Cilandak Jakarta Selatan yang berbunyi: "Munarman: Sistem Khilafah Menjadi Jawaban Atas Seluruh Problematika Saat Ini Muncul. Saatnya Khilafah Memimpin Dunia." Saat wawancara ia menolak disebut sebagai Pemimpin Hizbut Tahir ataupun masuk dalam struktur organisasi, tetapi hanya "berkawan".[13] Ia juga menyebut-nyebut sumbangan dana Tomy Winata terkait dengan upaya pemecatannya.[13]
Pada wawancaranya dengan Eramuslim.com pada bulan Juni 2006 Munarman mensinyalir Amerika Serikat dan sekutunya menggunakan LSM yang didanai pihak asing untuk membubarkan FPI, MMI dan HTI.[14] Ia pun membandingkan FPI dengan GAM.[14] Menurut Munarman jargon yang digunakan adalah "kebhinnekaan", "Pancasila", "pluralisme" dan umat Islam harus bersatu merapatkan barisan mempersiapkan diri menghadapi ancaman-ancaman dari kelompok sekuler.[14]
NAMRU-2
Pada bulan April 2008 Munarman, sebagai Ketua dari An Nashr Institut, dan Joserizal Jurnalis, Ketua Presidium Medical Emergency Rescue Committee (MER-C) mengadakan konferensi Pers yang berisi pernyataan permintaan agar pemerintah Indonesia tidak memperpanjang lagi kerjasamanya dengan Institut Riset Angkatan Laut AS Naval Medical Research Institute, Unit No 2 (NAMRU-2) dan mendeportasi staff dan pegawainya yang telah merugikan Indonesia karena menikmati status bebas pajak, akomodasi gratis, dan memiliki kekebalan diplomatik, apalagi operasional Namru-2 terus berjalan walaupun kontraknya sudah habis. Pernyataan ini dikemukakan karena keberadaan NAMRU-2 di Indonesia selama lebih dari 30 tahun dilihat tidak transparan dalam memberikan informasi kepada pemerintah Indonesia dan tidak menguntungkan rakyat Indonesia. Pihak Kedutaan Besar AS sendiri dalam penjelasan resminya mengatakan bahwa NAMRU-2 adalah organisasi yang transparan yang hanya melakukan riset medis dan keilmuan yang berfokus pada penyakit-penyakit tropis. Riset-riset tentang penyakit-penyakit menular ini dilakukan untuk kepentingan Amerika Serikat dan Kementrian Kesehatan Indonesia, serta kepentingan komunitas internasional. Penelitiannya sendiri difoukuskan pada malaria, penyakit-penyakit yang disebabkan oleh virus, dan penyakit menular lainnya termasuk flu burung.[15][16] Munarman sendiri pada wawancaranya pada bulan yang sama dengan situs Hizbut Tahir Indonesia menyatakan dukungan terhadap Menteri Kesehatan Indonesia Siti Fadillah dan bukunya 'Saatnya Dunia Berubah' di mana ibu menteri menolak untuk mengirim sampel virus flu burung. Menurut Munarman pihak asing mendapatkan hal-hal yang lebih besar manfaatnya secara ekonomi, dengan menggunakan media menggambarkan pemerintah, dalam hal ini Menteri Kesehatan, tidak bisa bekerja lalu pemerintah segera harus mengimpor obat anti flu burung. Saat obat anti flu burung sudah diimport isu lalu berhenti dengan sendirinya.[17] Namru-2 berhenti beroperasi pada 16 Oktober 2009 [18]
