Illinois
Johnson mendaftar di University of Illinois pada tahun 2024, bermain untuk pelatih kepala Brad Underwood dan Fighting Illini.[1]
Pada 4 November 2024, dalam pertandingan perguruan tinggi pertamanya, ia mencetak tiga poin, delapan rebound, dan memblok enam tembakan—terbanyak dalam kariernya—melawan Eastern Illinois. Pada 26 November melawan UMES, Johnson mencatatkan 10 poin dan 13 rebound dalam 14 menit dari bangku cadangan, menghasilkan double-double pertama dalam kariernya. Pada 8 Januari 2025, ia mencetak rekor tertinggi karier saat itu, yakni 20 poin disertai 11 rebound melawan Penn State, yang menjadi double-double keduanya. Pada 2 Februari melawan Ohio State, Johnson mencetak 14 poin dengan rekor tertinggi karier sebanyak 15 rebound, menghasilkan double-double ketiganya.[2]
Pada 15 Februari, Johnson mengalami patah pergelangan tangan saat melawan Michigan State.[3] Ia melewatkan sisa musim reguler dan kembali bermain pada turnamen Big Ten 2025.[4] Setelah berakhirnya musim pertamanya, Johnson masuk ke NCAA transfer portal. Ia tampil dalam 30 pertandingan dan menjadi starter delapan kali untuk Illinois, dengan rata-rata 7,0 poin, 6,7 rebound, dan 1,1 blok per pertandingan.[5]
Michigan
Pada 1 April 2025, Johnson pindah ke University of Michigan untuk bermain di bawah pelatih kepala Dusty May.[6] Pada 3 November, dalam debutnya untuk Wolverines 2025–26 melawan Oakland, ia memimpin tim dalam perolehan poin dengan mencetak rekor tertinggi kariernya, yaitu 24 poin.[7][8] Pada 29 Desember, ia menyamai rekor tertinggi kariernya dengan 24 poin dan juga mencatatkan 11 rebound melawan McNeese State, membantu Michigan mencetak rekor Big Ten Conference dengan enam kemenangan yang masing-masing diraih dengan selisih setidaknya 40 poin.[9][10] Pada 2 Januari 2026, ia mencatat rekor tertinggi karier baru dengan 29 poin dan 6 rebound melawan peringkat ke-24 USC, ketika Michigan menjadi tim pertama yang mengalahkan tiga lawan berperingkat AP secara beruntun dengan selisih minimal 30 poin.[11][12] Ia kemudian dinobatkan sebagai Co-Big Ten Player of the Week setelah mencatat rata-rata 26,5 poin dan 8,5 rebound dengan akurasi tembakan 75 persen.[13] Pada 14 Januari melawan Washington, Johnson mencetak 16 poin dan rekor tertinggi kariernya, yaitu 16 rebound.[14] Setelah Michigan menjuarai musim reguler, ia terpilih ke tim defensif All-Big Ten, masuk tim kedua All-Big Ten versi media, dan tim ketiga versi para pelatih.[15][16]
Pada 19 Maret, di putaran pertama turnamen NCAA 2026 melawan unggulan ke-16 Howard, Johnson mencatatkan 21 poin dan 10 rebound sambil mencatat akurasi sempurna 8 dari 8 tembakan. Ia menjadi pemain kelima dalam sejarah turnamen NCAA yang mencatat akurasi 100 persen dengan setidaknya 20 poin dan 10 rebound.[17] Tim tersebut kemudian memenangkan kejuaraan nasional 2026 dan menyamai rekor Big Ten untuk jumlah kemenangan terbanyak dalam satu musim, yaitu 37 kemenangan.[18][19] Johnson terpilih ke dalam tim All-Final Four, bersama rekan setimnya Aday Mara dan Elliot Cadeau.[20] Pada 24 April, ia menyatakan diri untuk mengikuti Draf NBA 2026 setelah musim keduanya.[21]