Sebelum menjabat sebagai bupati, Markus Didoek sempat duduk sebagai anggota Badan Pemerintahan Harian Provinsi Nusa Tenggara Timur (NTT).
Pada masa kepemimpinannya, Gubernur NTT kala itu, El Tari, melakukan kunjungan kerja ke Atambua. Kunjungan tersebut berkaitan dengan gejolak di Timor-Timur yang berdampak pada eksodus ke Atambua. Dalam kunjungan itu, El Tari memperkenalkan akronim "Aku Mau" (Atambua-Kupang-Maumere), yang merupakan impiannya agar tiga ibu kota kabupaten tersebut menjadi kotamadya. Bupati Markus Didoek sempat kebingungan dengan istilah tersebut sebelum akhirnya dijelaskan oleh Gubernur.[1]
Penjabat Bupati Sumba Timur
Setelah masa jabatannya sebagai Bupati Belu berakhir, Markus Didoek dipercaya untuk mengisi posisi Penjabat Bupati Sumba Timur. Ia menjabat selama kurang lebih tiga bulan, terhitung mulai 18 Maret 1994 hingga 19 Juni 1994, menggantikan Bupati definitif sebelumnya, T. P. Munthe.
Akhir Hayat dan Kematian
Kesehatannya mulai menurun di akhir masa jabatannya sebagai Bupati Belu. Setelah kembali berobat dari Pulau Jawa, kondisi kesehatannya dinyatakan kurang memungkinkan untuk menjabat kembali. Jabatannya kemudian berakhir pada 6 Januari 1976 dan digantikan oleh Penjabat Sementara (Pjs.) Bupati, Marcellinus Adang da Gomez.
Drs. Markus Didoek meninggal dunia pada tahun 1998.
Itta, Hans; Tifa, Daniel (2007). Jejak Tapak dari Masa Ke Masa; Belu Pemimpin dan Sejarah. Kerjasama dengan Dinas Kebudayaan dan Pariwisata Kabupaten Belu. Kupang: Sesawi.