PSIS Semarang
Setelah bermain di kompetisi amatir yang diadakan PSIS Semarang, di awal tahun 2000'an Khusnul mengikuti seleksi pemain PSIS Semarang, magang, dan masuk tim utama PSIS Semarang. Khusnul menjadi kesayangan publik Semarang atas kontribusi yang diberikan untuk PSIS Semarang. Bersama PSIS Semarang, Khusnul berkontribusi mengantarkan tim kebanggan Kota Semarang tersebut meraih Juara Divisi Satu Liga Indonesia di Tahun 2001, Juara 3 Divisi Utama Liga Indonesia 2005, dan Runner Up Divisi Utama Liga Indonesia 2006 di mana sebelum era Liga Super Indonesia pada tahun 2008, Divisi Utama Liga Indonesia merupakan kasta tertinggi persepak bolaan Indonesia.
Bersama PSIS Semarang, Khusnul mencetak 3 Gol di sepanjang kompetisi Divisi Utama Liga Indonesia 2002 salah satunya gol tunggal kemenangan atas Persebaya Surabaya pada 21 Januari 2002.[2] Sayangnya, di Divisi Utama Liga Indonesia 2003 Khusnul kurang mendapatkan kepercayaan dari pelatih yang lebih sering memainkan Julio Lopez, Indriyanto Setyo Nugroho dan German Osorio sehingga tidak satupun gol ia cetak sepanjang musim Divisi Utama Liga Indonesia 2003. Hal serupa juga terjadi pada tahun 2004, tak satupun gol dicetak Khusnul karena pada saat itu PSIS Semarang lebih sering memainkan Indriyanto Nugroho, Robert Kwateh, dan Purwanto.
Di musim kompetisi 2005, Khusnul membuka kran golnya dengan mencetak 2 Gol sekaligus membawa PSIS Semarang melumat Persib Bandung 3-0 di Stadion Jatidiri tanggal 13 April 2005. Meskipun PSIS Semarang di musim 2005 mempunyai stock striker hebat seperti Emanuel De Porras, Indriyanto Nugroho, dan Abdoulaye Djibril, Khusnul masih sering menjadi pilihan, hal tersebut terbukti dengan 4 Gol yang berhasil dibukukan Khusnul sepanjang kompetisi Divisi Utama Liga Indonesia 2005.[3]
Di musim kompetisi 2006, Khusnul lebih sering berperan sebagai pelapis Emanuel De Porras, Indriyanto Nugroho, Gustavo Hernan Ortiz, Imral Usman. Akan tetapi musim inilah puncak prestasi Khusnul bersama PSIS Semarang di mana pada musim itu PSIS Semarang berhasil meraih Runner Up Divisi Utama Liga Indonesia 2006 yang merupakan kompetisi tertinggi nasional saat itu. Sayang di pertandingan final PSIS Semarang dikalahkan Persik Kediri lewat gol tunggal Cristian 'El-Loco' Gonzáles. Dipertandingan Final Khusnul tampil menggantikan Imral Usman di menit 64 dan memperoleh kartu kuning di menit 79.[4]
Di musim kompetisi 2007 PSIS Semarang ditinggal oleh bintangnya Emanuel De Porras. Striker Indriyanto Nugroho - pun telah memasuki usia senja untuk pemain sepak bola. Khusnul Yakin sering diduetkan bersama Julio Lopez yang musim 2007 kembali ke PSIS Semarang. Khusnul memaksa Striker Asing Alfredo Figueroa menjadi penghuni bangku cadangan dan diputus kontraknya di pertengahan musim. Khusnul mencetak gol - gol penting di antaranya ketika mengalahkan Persija Jakarta 3-0 di Stadion Jatidiri pada 4 April 2007 dan Gol tunggal ketika mengalahkan Persib Bandung 1-0 di Stadion Siliwangi 19 Agustus 2007. Gol tunggal tersebut berkat kerjasama yang apik antara Julio Lopez, Igor Joksimovic, dan Khusnul. Meskipun begitu PSIS Semarang di Musim 2007 gagal menyamai prestasi PSIS musim 2006 dengan hanya bercokol di peringkat 10 wilayah Barat.
Kembali ke PSIS
Setelah pada tahun 2008 sempat meninggalkan PSIS Semarang dan bergabung dengan Pelita Jaya, pada tahun 2011 Khusnul kembali mengenakan jersey biru bergabung kembali bersama PSIS Semarang. Sepanjang musim 2011 hingga tahun 2013 PSIS Semarang hanya bermain di level kedua kompetisi nasional. Musim pertama di periode keduanya bersama PSIS Semarang Khusnul cukup bermain apik dan menjadi tandem reguler Vitor Borges de Souza di Kompetisi Divisi Utama versi LPIS 2011-2012, tetapi tidak demikian dengan musim keduanya.
Meskipun banyak kontribusi telah Khusnul berikan kepada PSIS Semarang, ibarat sebuah cerita, Khusnul dan PSIS Semarang berakhir dengan Sad Ending. Di pertengahan kompetisi Divisi Utama Liga Indonesia 2013, PSIS Semarang mengumumkan harus mencoret empat pemain yang tak bisa lagi dipertahankan untuk putaran kedua. General Manager PSIS Semarang, Ferdinand Hindiarto mengatakan, keempat pemain tersebut dinilai tidak menunjukan peforma yang diharapkan. Keempat Pemain tersebut adalah Daru Tri Laksono, Miko Ardiyanto, Khusnul Yakin, dan bomber asing Emile Linkers.[6] Di musim 2013 Khusnul memang hanya bermain di 3 pertandingan dan tidak mencetak satupun gol untuk Laskar Mahesa Jenar.