Ada sebelas komunitas Molokan. Molokan adalah minoritas Kristen, seperti Protestan di Eropa Barat, pusat keyakinan mereka pada Alkitab dan menolak hierarki gereja. 2,5% dari populasi (1998) milik Gereja Ortodoks Rusia (1998). Gereja Ortodoks Rusia memiliki Eparki Baku dan wilayah Kaspia dengan pusat di Azerbaijan. Di antara yang terkenal gereja-gereja Rusia terdapat Gereja Michael Archangel, Katedral Pembawa Mur Suci dan Katedral Alexander Nevsky dihancurkan oleh komunis pada awal abad ke-20.
Hanya ada satu jemaat Katolik Roma. Sebuah gereja Katolik Roma di Baku dibuka pada tahun 2007.[butuh rujukan]