Herman Prayitno diterima menjadi Calon Prajurit Taruna tahun 1970 dan dilantik oleh Presiden RI tahun 1973. Ia kemudian mengikuti Pendidikan Sekbang dan dilantik tahun 1976. Pada tanggal 24 Maret 2004, ia dilantik menjadi Wakil Kepala Staf TNI-AU (Wakasau). Herman Prayitno lalu menjabat sebagai duta besar Indonesia untuk Malaysia menggantikan Da'i Bachtiar[2] Pada bulan Juni 2017, ia ditunjuk sebagai Komisaris Utama dari PT Jasa Angkasa Semesta.[3]