GKMI berdiri pada tanggal 6 Desember1920, yang ditandai dengan terjadinya pembaptisan kudus bagi 25 orang petobat baru sebagai hasil penginjilan yang dilakukan oleh Tee Siem Tat. Baptisan pertama itu diselenggarakan di rumah Tee yang beralamat di Jl. K.H. Wahid Hasyim (dulu Panjunan) No.11, Kudus. Dari Kudus penginjilan terus bergerak ke beberapa kota terdekat seperti: Jepara, Bangsri, Welahan, Pati, Blora dan Pecangaan, sambil memberikan pelayanan diakonia. Sekarang ini, telah ada 56 gereja dewasa, 52 cabang dan 59 pos Pekabaran Injil. Dari Pulau Jawa, GKMI menyebar ke Lampung Selatan, Kalimantan Barat, Bali, Batam, Medan, Tentena, Poso, Kupang, Sumba dan sedang menjajagi ke Singapura dan negara Asia lainnya.
Pelayanan
GKMI mendirikan:
Yayasan Pengutusan Injil dan Pelayanan Kasih (PIPKA)
Pustaka Muria
Akademi Muria (AM)
Mennonite Diaconia Service (MDS)
Di samping itu terdapat juga gereja-gereja lokal yang mengelola sekolah, balai pengobatan, rumah sakit, makam dan LSM.
Masuk PGI
Diterima masuk PGI pada 13 September 1960
Statistik
Jumlah gereja/jemaat: 67 gereja dewasa
Jumlah anggota jemaat: 19.208 jiwa
Jumlah pendeta: 71 orang; dan 30 orang pendeta muda
Jumlah pelayan lainnya: 38 orang (evangelis: 8 orang; tenaga orientasi 30 orang)
