Pada pemilihan umum Malaysia 1999, BA bekerja sama untuk hanya mengajukan satu kandidat di setiap daerah pemilihan. Pemenang terbesar di koalisi ini adalah Partai Islam Se-Malaysia yang menguasai Kelantan dan Terengganu dan menaikkan jumlah kursi mereka dari 7 ke 27. Partai Tindakan Demokratik juga menaikkan jumlah kursi mereka dari 7 ke 10 namun kehilangan dua pemimpin terkemukanya, Lim Kit Siang dan Karpal Singh yang kalah di dapil mereka. Hal ini karena mayoritas masyarakat Tionghoa-Malaysia masih belum bisa memercayai PAS sebagai mitra. Partai Keadilan Rakyat yang pemimpinnya banyak dipenjarakan hanya merebut 5 kursi. Barisan Nasional mempertahankan mayoritas absolut 77% dengan 148 dari 193 kursi.
Ketegangan
Sejak awal, koalisi BA mengalami ketegangan akibat Partai Islam Se-Malaysia (PAS) yang bertekad menjadikan Malaysia sebagai negara Islam. Hal ini ditentang oleh 30% kaum minoritas non-Muslim Malaysia.
Ketegangan semakin memuncak setelah PAS berhasil memperoleh kursi terbanyak di koalisi BA pasca Pemilu Legislatif 1999 dan membuat partai-partai minoritas semakin khawatir akan kehilangan suara. Pada 21 September 2001, Partai Tindakan Demokratik mengumumkan keluar dari Barisan Alternatif.[1]
Perpecahan di Barisan Alternatif dipicu oleh pertikaian antar partai komponen pada Pemilu Legislatif 2004 karena partai komponen BA tidak dapat menyepakati pembagian calon legislatif di negara bagian. Hubungan antara Partai Keadilan Rakyat dan PAS pun ikut tegang, seperti halnya jetika PAS menolak untuk mendukung calon legislatif dari Partai Rakyat Malaysia di kursi parlemen Kota Bharu, Kelantan.
Warisan
Menjelang pemilihan umum Malaysia 2008, ketiga partai oposisi besar tersebut yang sebelumnya berseteru kembali bersatu agar dapat menghadapi Barisan Nasional secara efektif dengan menghindari petarungan tiga sudut di dapil yang mereka akan kontestasi. Strategi ini pada akhirnya memukul Barisan Nasional secara elektoral. Hal ini karena Partai Islam Se-Malaysia memperhalus ideologi mereka dengan hanya menfokuskan ke kebijakan ekonomi ketimbang agama, mengkritik BN yang membubarkan Dewan Rakyat Malaysia saat Imlek, dan mencalonkan calon legislator non-Muslim. Peran Anwar Ibrahim sebagai pemimpin oposisi dan upayanya untuk mengumpulkan kekuatan partai oposisi juga membantu mendongkrak elektabilitas. Kebangkitan resmi Barisan Alternatif mungkin akan terjadi mengingat kemenangan telak yang dihasilkan dari kesepakatan alokasi antara PAS, DAP, dan PKR.[2]
Pada 1 April 2008, pimpinan partai PKR, PAS, dan DAP mengumumkan pembentukan koalisi baru dengan nama Pakatan Rakyat. Dengan koalisi ini, ketiga partai berhasil memenangkan 88 dari 222 kursi Dewan Rakyat pada saat pemilihan umum Malaysia 2008.
