Pada perombakan kabinet, Presiden saat itu, Susilo Bambang Yudhoyono memilih nama Widjajono sebagai kandidat yang akan menduduki posisi Wakil Menteri Energi dan Sumber Daya Mineral.[4] Ia merupakan pejabat perdana yang menjabat untuk posisi tersebut. Ia memenuhi undangan presiden ke Istana Merdeka bersama dua calon wakil menteri lainnya, Denny Indrayana dan Nasaruddin Umar.[5] Pada 19 Oktober 2011, ia yang merangkap sebagai anggota Dewan Energi Nasional sejak 2009 dilantik oleh presiden sebagai wakil menteri bersama jajaran di kabinet lainnya yang dilantik bersamaan.[6] Selama menjabat, Widjajono menghadiri rapat kabinet perdana sekaligus terakhirnya ketika menggantikan Jero Wacik yang tengah bertugas.[7] Gagasannya mengenai perminyakan, yaitu pendistribusian subsidi bahan bakar minyak selain kawasan aristokrat yang dinilai lebih ekonomis dan berdampak bagi kalangan masyarakat menengah; penghematan listrik; dan konversi dari bahan bakar minyak ke bahan bakar gas.[8]
Kematian
Widjajono bersama rekan-rekannya memulai geoturisme untuk mendaki dan sampai di Gunung Tambora pada 20 April 2012 malam hari.[9] Pada keesokan harinya di waktu dini hari, ia kembali mendaki ke puncak gunung. Namun, pada pagi hari, keadaan tubuhnya mulai melemah. Ia mengalami hipoksia dan diklaim mengalami serangan jantung,[10] tetapi dikonfirmasi pihak keluarga bahwa Widjajono tidak memiliki riwayat penyakit jantung.[11] Ketika ia hendak dievakuasi, helikopter yang akan membawanya tidak dapat mendarat di Gunung Tambora akibat kabut. Pada akhirnya, dia diangkat dengan tandu untuk sampai ke Pos I. Dokter yang datang dari puskesmas dari Calabai menyatakan bahwa Widjajono telah meninggal dunia.[12] Sebelumnya, Widjajono mengeluhkan jantungnya yang berdebar dengan cepat saat sampai di Pos I. Kemudian, ia pingsan saat pendakian dan mengalami kritis sehingga ia direncanakan akan dibawa ke Rumah Sakit Umum Pusat Sanglah, Bali, untuk mendapatkan penanganan medis.
Partowidagdo, Widjajono, dkk (2000). Agenda 21 Sektor Energi untuk Pertambangan Berkelanjutan. Jakarta. Pemeliharaan CS1: Banyak nama: authors list (link) Pemeliharaan CS1: Lokasi tanpa penerbit (link) Pemeliharaan CS1: Ref menduplikasi bawaan (link)
Partowidagdo, Widjajono (2002). Manajemen dan Ekonomi Minyak dan Gas Bumi. Pemeliharaan CS1: Ref menduplikasi bawaan (link)
