Alur cerita
Di planet Cybertron, perang berkecamuk antara dua ras robot, Autobots dan Decepticons, dan terdapat satu ras robot kecil yang sangat tersiksa yaitu Mini-Cons. Mini-Cons kemudian diselamatkan dan dilarikan oleh Autobots, tetapi diserang oleh Decepticons saat pesawat mereka masuk ke jembatan luar angkasa. Kemudian pesawat mereka tersesat di luar angkasa, hingga akhirnya terdampar di Bulan (satelit alam Bumi). Tak lama berselang, pesawat tersebut berhasil terbang kembali, namum kali ini mereka malah mendarat di Bumi, dan kemudian terkubur berjuta-juta tahun sebelum akhirnya tiba pada masa modern Bumi.
Di Bumi pesawat Mini-Cons kemudian ditemukan oleh Carlos Lopez dan Rad White, yang tanpa sengaja mengaktifkan kembali komputer utama pesawat tersebut. Selanjutnya komputer tersebut menghidupkan kembali semua Mini-Cons, bahkan komputer tersebut mengirimkan sinyal ke Cybertron yang bisa ditangkap oleh Autobots dan Decepticons. Kemudian Megatron bersama Optimus Prime menangkap sinyal tersebut yang berasal dari Bumi, dan mereka pun memutuskan untuk datang ke Bumi.
Selain Optimus Prime (Autobots) dan Megatron (Decepticons), datang juga beberapa Transformers lain seperti Smokescreen, Blurr, Jetfire, Sideswipe (Autobots), Starscream, Demolishor, Cyclonus, dan Scavenger dari Decepticons. Scavenger kemudian memutuskan untuk berpindah aliansi ke Autobots.
Pertarungan antara Autobots dan Decepticons kemudian berlanjut di Bumi, sampai datangnya Unicron. Kemudian beberapa Mini-Cons bergabung sebagai tentara bagi Unicron. Megatron lantas menolak untuk beraliansi dengan Unicron dan menyebabkan ia bersama Decepticons dilawan oleh Unicron, bahkan Starscream terbunuh oleh Unicron.
Kemudian Megatron dan Optimus Prime sempat bersatu untuk mengalahkan Unicron. Mereka berdua kemudian masuk ke kepala Unicron, diikuti beberapa Mini-Cons yang tidak beraliansi dengan Unicron. Mereka kemudian berhasil menon-aktifkan Unicron, dan setelah itu Megatron menantang Optimus untuk bertarung, tetapi kekuatan dari pertarungan tersebut malah menghidupkan kembali Unicron. Akhirnya Megatron mengorbankan dirinya untuk menghilangkan pengaruh jahat Unicron. Dengan musnahnya kekuatan jahat Megatron, secara tiba-tiba pula Unicron menghilang dan perdamaian kembali datang ke Cybertron.
Produksi
Transformers: Armada diproduksi di Jepang dengan ide-ide yang berasal dari Amerika Serikat. Tadinya pihak Takara berencana untuk me-remake beberapa cerita di Transformers G1, tetapi ide tersebut ditolak secara halus oleh Hasbro. Hasbro lebih menginginkan agar Unicron-lah sebagai satu-satunya alumnus yang tampil dari G1.
Seperti di Transformers: The Headmasters, serial ini pun mengalami beberapa gangguan. Walaupun telah ditangani oleh tim ahli dengan kompetensi yang layak, masih saja ditemukan beberapa kesalahan terjemahan dan dubbing. Sehingga ada perbedaan yang jelas antara versi Barat (AS) dengan versi Asia (Jepang).
