Karena letak geografisnya, Jalan tol ini banyak melintasi wilayah yang didominasi dengan rawa serta berada di bawah permukaan laut pada beberapa bagiannya. Kondisi ini menyebabkan jalan tol tersebut kerap mengalami banjir, terutama saat musim hujan, sehingga mengganggu kelancaran akses mobilitas publik yang akan menuju dari Bandara Internasional Soekarno-Hatta, Kota Tangerang, Banten maupun arah sebaliknya.
Untuk mengatasi permasalahan tersebut, PT Jasa Marga (Persero) Tbk melakukan proyek pembaharuan seperti peninggian jalan (semi-layang), pelebaran lajur darurat, serta pemasangan tanggul guna untuk mencegah genangan air. Proyek ini dimulai pada akhir tahun 2007 atau awal tahun 2008, dan diselesaikan pada tahun 2010. Pembangunan ini dilakukan bersamaan dengan pengembangan Jalan Tol Lingkar Luar Jakarta (JORR).
Pada tahun 2018, telah dimulai pembangunan koneksi dengan Jalan Tol Lingkar Luar 2 (JORR 2) di sekitar KM 32, yaitu tepatnya pada Junction / Simpang Susun Benda. Kemudian proyek ini selesai dan mulai beroperasi pada tahun 2022.
Selain itu, di masa mendatang, Jalan Tol Prof. Dr. Ir. Sedyatmo juga direncanakan akan terhubung langsung dengan Jalan Tol Kamal–Teluknaga–Rajeg (Tol Katara atau Kataraja), yang juga dikenal sebagai Tol PIK 2. Koneksi ini akan dilakukan melalui sisi jalan semi-layang di atas, dan diproyeksikan menjadi jalur strategis tambahan menuju wilayah barat laut Tangerang dan sekitarnya.
Sebagai bagian dari upaya efisiensi energi, jalan tol ini juga telah dilengkapi dengan lampu penerangan bertenaga surya, untuk mengurangi ketergantungan terhadap pasokan listrik dari PT PLN.
Fasilitas
Gerbang tol Cengkareng
Di jalan tol ini terdapat beberapa fasilitas diantaranya:
Gerbang utama Jalan Tol Prof Dr. Sedyatmo (Hanya pembayaran tujuan Bandara Internasional Soekarno-Hatta): 1. Ke Arah Barat: Jalan Husein Sastranegara 2. Ke Arah Timur: Kamal Kapuk Jalan Tol Lingkar Dalam Jakarta
