Soetjipto kemudian menjadi ambtenaar (pegawai negeri) dengan menjabat sebagai AIB Tanggul/Besuki (1939). Kemudian AIB di kota kelahirannya, Bondowoso, tahun 1940. Sesudah itu kariernya berjalan dengan mantap dan terus menanjak. Ia berturut-turut menjadi Mantri PolisiSitubondo (1941), Mantri Polisi Surabaya (1941), Mantri Polisi Bondowoso (1942), Mantri Polisi Kalisat/Jember (1942), dan Itto Keibu Bondowoso (1943). Dari sini, dia mendapat latihan ilmu kepolisian di Taiwan (1944). Sebulan menjelang Proklamasi Kemerdekaan RI, dia masih menjadi Itto Keibu di Bondowoso.
Dua bulan setelah Kemerdekaan RI, tepatnya pada tanggal 1 Oktober1945, Soetjipto menjadi Inspektur Polisi Kelas I pada Pasukan Polisi Istimewa Besuki (1945). Prestasinya menanjak, ketika dia ditarik ke Surabaya sebagai Wakil Komandan Mobrig Polisi Jawa Timur (1947). Kemudian menjadi Komandan Mobrig Polisi Jakarta Raya (1950), Komandan Mobrig Polisi Jawa Timur (1950), Komisaris Polisi Kelas I pada Jawatan Kepolisian Negara (1954), Lektor PTIK (1960), Komandan Komandemen Mobrig Pusat (1960), Asisten II Kastaf Komisaris Jenderal MBPN (1962), Kepala Pusat Pertahanan Sipil (1962).
Menginjak tahun 1962, Soetjipto sempat dikirim ke AS untuk satu setengah bulan. Dan, tahun ini pula, ketika Indonesia menjadi tuan rumah Asian Games IV, Komisaris Besar Polisi Soetjipto ditunjuk menjadi Pimpinan Harian Organizing Committeenya. Tiga tahun kemudian, 1965, dia diangkat menjadi Kepala Kepolisian Negara untuk masa jabatan sampai 1968. Semasa kepemimpinan Joedodihardjo ini, mulai berdiri Akademi Angkatan Kepolisian (1 Oktober1965). Namun, pada 16 Desember1965, pendidikan akademi itu disatukan ke dalam pendidikan ABRI, dan namanya menjadi AKABRI Bagian Kepolisian.
Menjadi Menteri/Pangak RI
Masa kepemimpinan Kapolri R. Soetjipto Joedodihardjo penuh dengan gejolak. Sebab inilah masa transisi dari Orde Lama ke Orde Baru. Pada 9 Mei1965, Presiden Soekarno melantik Raden Soetjipto Joedodihardjo menjadi Menteri/Pangak RI berpangkat Inspektur Jenderal Polisi.
Nama Departemen Angkatan Kepolisian (Depak) diubah menjadi Kementerian Angkatan Kepolisian (Kemak). Perubahan ini sehubungan dengan keluarnya Keputusan Presiden 27 Maret1966 tentang susunan Kabinet Dwikora yang disempurnakan lagi (Dwikora III). Namun namanya berubah lagi menjadi Depak, pada 21 Agustus1966. Hal ini dilakukan menyusul pembentukan organisasi Kabinet Ampera. Struktur organisasi kepolisian pun beberapa kali berubah karena kondisi dan situasi politik ketika itu agak memanas.
Jabatannya sebagai Menteri/Panglima Angkatan Kepolisian digantikan oleh Drs. Hoegeng Imam Santoso. Kemudian ia mulai memasuki masa persiapan pensiun. Pada 1 November1972, dia pensiun dari jajaran kepolisian. Jenderal Polisi (Purn.) H.R. Mas Ngabehi Soetjipto Joedodihardjo wafat di Jakarta pada tanggal 26 Maret1984, dalam usia 66 tahun dan dimakamkan di TMP Bondowoso, Jawa Timur.