Stasiun Minami-Wakkanai diberada di Jalur Utama Sōya yang memiliki panjang total 2.594km (1.612mi) dari Asahikawa sampai Wakkanai, dan terletak 256,7 km dari titik awal dari garis di Asahikawa.
Sebelum Jalur Tempoku ditutup pada 1 Mei 1989, stasiun ini menjadi titik ahir Jalur Tempoku, terletak 148,9 km dari titik awal dari garis di Otoineppu.
Tata Letak
Stasiun ini merupakan stasiun persimpangan dengan dua jalur dan satu peron sisi dan satu peron pulau (digunakan di satu sisi), yang dihubungkan dengan jembatan penyeberangan. Kereta biasanya memasuki peron 1 di sisi bangunan stasiun, dan peron 2 di bagian dalam peron pulau hanya digunakan ketika kereta, termasuk kereta non-kereta pulang pergi, harus berpapasan satu sama lain. Sejak tahun 2010, jalur ini telah diubah menjadi jalur tunggal dari stasiun ini hingga ke ujung jalur di Stasiun Wakkanai, menjadikannya stasiun paling utara di Jepang yang memiliki sakelar, sinyal keberangkatan, dan sinyal di dalam stasiun.