Stasiun ini memiliki tiga jalur kereta api ditambah satu jalur sepur badug (jalur buntu) di sisi selatan stasiun. Pada awalnya, hanya jalur 1 yang dijadikan sebagai sepur lurus. Setelah pengoperasian jalur ganda menuju Stasiun Palur dilakukan sejak 5 Maret 2019[5] dan kemudian menuju Stasiun Geneng sejak 30 November 2019,[6] jalur 2 juga dijadikan sepur lurus arah Madiun, dan jalur 1 dijadikan sepur lurus arah Solo. Pada saat pembangunan jalur ganda, emplasemen stasiun diperpanjang ke arah barat daya, kanopi ditambahkan di peron sisi maupun peron pulau antara jalur 2 dan 3, serta sistem persinyalan diubah dari sistem mekanik menjadi sistem persinyalan elektrik.
Sejak pengoperasian jalur ganda per tahun 2019, stasiun ini hanya untuk melayani penyusulan antarkereta api.
Galeri
Tampak luar Stasiun Kedungbanteng sisi selatan, kemungkinan sekitar 2009
Peron Stasiun Kedungbanteng kini yang dilengkapi kanopi, 2020
