Awalnya stasiun ini memiliki tiga jalur kereta api dengan jalur 2 merupakan sepur lurus. Sejak jalur ganda segmen Waruduwur–Losari resmi dioperasikan mulai 17 Juni 2013,[4] jumlah jalurnya bertambah menjadi empat. Jalur 2 dijadikan sebagai sepur lurus untuk arah Cirebon saja, jalur 3 dijadikan sebagai sepur lurus hanya untuk arah Tegal, dan jalur 4 ditambahkan di sisi selatan stasiun sebagai sepur belok baru. Selain itu, sistem persinyalan elektrik yang lama telah diganti dengan yang baru produksi PT Len Industri.
Peron pulau, pintu terbuka di sebelah kanan kedatangan KA dari arah timur
Jalur 1
←
Sepur belok
→
Peron sisi
G
Bangunan utama stasiun
Operasional stasiun ini sudah dipindahkan ke bangunan baru berukuran lebih besar yang berada tepat di sebelah barat bangunan lama. Bangunan lama stasiun yang merupakan peninggalan Semarang–Cheribon Stoomtram Maatschappij (SCS) tetap dipertahankan, tetapi sudah tidak lagi digunakan.
Ke arah timur stasiun ini, terdapat percabangan ke arah Pabrik Gula Tersana Baru (milik PT RNI), yang saat ini sudah nonaktif. Selain itu, lebih ke timur lagi, terdapat bekas Stasiun Pabedilan (Bedilan) yang sudah tidak aktif karena okupansi yang minim. Dari stasiun ini terdapat jalur lori menuju Stasiun Sindanglaut dan menggabung ke Waruduwur yang sudah dinonaktifkan sejak zaman pendudukan Jepang.[5]
Layanan kereta api
Berikut ini adalah layanan kereta api yang berhenti di stasiun ini sesuai Gapeka 2025 revisi per 16 Juli 2025.[6]
Pada 6 Agustus2022 pukul 20.40 WIB, terjadi kecelakaan lalu lintas antara mobil dan KA Argo Cheribon dengan nomor KA 26A pada perlintasan tanpa palang pintu di km 202+1 pada petak Stasiun Waruduwur–Stasiun Babakan, tepatnya di dekat eks Halte Getrakmoyan. Empat korban tewas, lokomotif yang berdinas yaitu CC206 13 34 mengalami kerusakan, dan perjalanan beberapa kereta api terlambat hingga beberapa jam.[7]
