Ia terpilih sebagai presiden pada tahun 1922, setelah pembunuhan pendahulunya Gabriel Narutowicz . Selama masa kepresidenannya, Wojciechowski dan mantan temannya Józef Piłsudski berselisih pendapat mengenai arah politik negara. Pada tahun 1926, Piłsudski melakukan kudeta militer , yang mengakibatkan Wojciechowski mengundurkan diri dari jabatannya.
