Pada 1987—1998 ia menjabat sebagai EphorusHuria Kristen Batak Protestan (HKBP), sebuah gereja beraliran Lutheran di Indonesia. Pada masa kepemimpinannya terjadi dualisme kepemimpinan di tubuh HKBP (1992—1998). Jabatan-jabatan lain yang pernah dipegangnya Sekretaris Umum Persekutuan Gereja-gereja di Indonesia pada 1967—1984 dan kemudian Ketua Umum pada periode 1984—1987.
Nababan banyak terlibat dalam organisasi gereja di tingkat dunia. Ia pernah menjabat sebagai Sekretaris Pemuda Dewan Gereja-gereja Asia (1963—1967) dan belakangan Presiden dari lembaga yang sama (1990—1995), Wakil Ketua dari Komite SentralDewan Gereja-gereja se-Dunia (1983—1998), Wakil Presiden Federasi Lutheran se-Dunia dan anggota Komite Eksekutif dari lembaga yang sama. Nababan juga menjabat sebagai Ketua pertama dari Vereinte Evangelische Mission (United Evangelical Mission) yaitu sebuah lembaga misi internasional yang terdiri atas 34 gereja anggota yang tersebar di Afrika, Asia, dan Jerman. Dalam Sidang Raya ke-9 Dewan Gereja-gereja se-Dunia di Porto Alegre, Brasil pada tahun 2006, Nababan terpilih menjadi salah seorang Presiden dari lembaga persekutuan gereja-gereja sedunia itu yang beranggotakan gereja-gereja Protestan dan Ortodoks.
Ide dan pemikirannya tentang bagaimana gereja harusnya bersikap di tengah masyarakat yang majemuk,serta seimbang dalam menyuarakan keadilan dan perdamaian telah diunggah di banyak forum.[1]
.jpg)
.svg)