Nur Misuari lahir di Tapul, Sulu pada 3 Maret 1939.[2][3] Sebagai anak keempat dari sepuluh bersaudara, orangtuanya keturunan Tausūg-Sama dan berasal dari Kabinga-an, Pulau Tapul. Ayahnya bernama Saliddain Misuari, yang bekerja sebagai nelayan, dan ibunya adalah Dindanghail Pining. Nur Misuari adalah keturunan langsung dari Panglima Mahabasser Elidji, seorang pejuang Tausūg dan perwakilan dari Kesultanan Sulu yang ia klaim membantu pasukan Kesultanan Brunei di bawah kepemimpinan Sultan Muhyiddin pada perang saudara mereka di utara Borneo setelah bagian timur dari Sabah diberikan kepada suku Tausūg oleh Sultan Muhyiddin.[4] Ayah Misuari memindahkan keluarga mereka dari Tapul ke Jolo, Sulu ketika ia masih muda.
