Wakil Gubernur Banten (2007–2012)
Masduki maju sebagai calon Wakil Gubernur Banten dan berpasangan dengan calon Gubernur Ratu Atut Chosiyah pada Pilgub Banten 2006. Pencalonan mereka didukung oleh Partai Golongan Karya, Partai Demokrasi Indonesia Perjuangan, Partai Bintang Reformasi, Partai Bulan Bintang, Partai Damai Sejahtera, Partai Patriot, dan Partai Karya Peduli Bangsa.
Empat hari sebelum pelaksanan pemilihan kepala daerah (pilkada), Lingkaran Survei Indonesia menampilkan hasil survei dan dimuat Radar Banten pada 22 November 2006. Hasil survei lembaga ini menempatkannya berada di urutan teratas. Pada 27 November 2006, Koran Kompas juga memublikasikan dengan 39,18% di urutan teratas. Sembilan hari kemudian, 6 Desember 2006, Komisi Pemilihan Umum Provinsi Banten menetapkannya sebagai wakil gubernur bersama pasangannya sebagai gubernur.
Berdasarkan hasil penghitungan manual yang dilakukan KPU Provinsi Banten, bersama pasangan wakil gubernur, ia memperoleh 1.445.457 (40,15 persen) dari 3.599.850 suara sah. Suara tidak sah mencapai 177.141 suara. Dengan demikian, tingkat partisipasi pemilih mencapai 60,83 persen dari total warga yang menggunakan hak pilih sebanyak 3.776.385 atas 6.208.951 pemiluh terdaftar. Sedangkan, 2.432.566 (39,17 persen) pemilih lainnya tidak menggunakan hak pilihnya. Proses penghitungan manual dilakukan di Hotel Le Dian, Serang. Hasil itu memastikan memenangi pemilihan kepala daerah Banten yang diselenggarakan pada 26 November 2006.
Tiga pasangan calon gubernur, yakni Zulkieflimansyah - Marissa Haque, Tryana Sjam'un - Benyamin Davnie dan Irsjad Djuwaeli - Mas A. Daniri menyatakan menolak dan menggugat Komisi Pemilihan Provinsi Banten, Biro Pemerintahan Provinsi Banten, dan Dinas Kependudukan Provinsi Banten. Bahkan, selain menggugat Komisi Pemilihan Umum Provinsi Banten, pasangan Irsjad-Daniri juga mengajukan gugatan terhadap Presiden Susilo Bambang Yudhoyono.
