Lahir di desa Akokoro, di distrik Apac, Obote adalah putra kepala suku etnis Lango. Ia menempuh pendidikan di Busoga College dan Makerere College, di mana ia dikeluarkan karena ikut dalam protes yang dilakukan para mahasiswa. Ia kemudian bekerja sebagai buruh bangunan di Kenya dan terlibat dalam gerakan kemerdekaan lokal. Sekembalinya ke Uganda, ia bergabung dengan Kongres Nasional Uganda (UNC) pada tahun 1955. UNC pecah pada tahun 1959 dan Obote menjadi ketua Kongres Rakyat Uganda (UPC) yang baru dibentuk. Ia menjalin koalisi dengan partai Kabaka Yekka dan menjadi perdana menteri pada tahun 1961. Tahun berikutnya, ia membuat Edward Mutesa II, raja Buganda, menjadi presiden seremonial, sementara Obote sebagai wakil presiden eksekutif.
Presiden
Sebagai perdana menteri, Obote dan Idi Amin (saat itu wakil komandan angkatan bersenjata) terlibat dalam rencana penyelundupan emas. Obote membubarkan parlemen saat para anggotanya meminta dilakukan penyelidikan. Ia kemudian melakukan kudeta terhadap Mutesa, yang mengkritiknya dalam kasus tersebut, dan menyatakan dirinya sebagai presiden pada 2 Maret1966. Pemerintahannya yang sosialis tidak disukai negara-negara Barat dan banyak mengalami masalah dalam bidang militer. Pada tahun 1971, Amin menggulingkan pemerintahannya dan ia melarikan diri ke Tanzania.
Pemerintahan Amin sendiri juga digulingkan pasukan Tanzania pada tahun 1979. Pada pemilu tahun 1980, partai UPC pimpinan Obote berhasil menang, tetapi lawan-lawannya menuduhnya curang dalam pemilu. Hal ini mengakibatkan pemberontakan yang dipimpin oleh Yoweri Museveni. Sekitar 100 hingga 300 ribu orang meninggal dunia dalam konflik antara kedua pihak tersebut.
Pasca-kepresidenan
Obote sekali lagi dijatuhkan, pada tanggal 27 Juli1985, oleh para komandan militernya sendiri, Brigadir Bazilio Okello dan Jenderal Tito Okello dalam sebuah kudeta militer. Obote lari ke Zambia. Pada Agustus 2005, ia mengumumkan akan mengundurkan diri sebagai ketua UPC.
