Leluhur marga Manalu adalah Toga Manalu, putra kedua Toga Simamora. Keturunan lainnya berturut-turut yang merupakan kakak-adiknya antara lain yaitu Toga Purba, Debataraja, dan Tuan Sumerham (Rambe).
Toga Manalu yang merupakan leluhur marga Manalu merupakan putra kedua dari Toga Simamora yang dilahirkan oleh Siboru Panggabean, putri semata wayang dari Siraja Lontung. Toga Manalu menikah dengan Boru Sagala dan memperoleh dua orang putra yaitu Mangara Robean dan Mangara Dolok. Dari kedua putra ini kemudian lahir enam cucu laki-laki yang mana keenam cucu ini kemudian mewakili keenam kelompok marga Manalu. Adapun keenam cucu laki-laki tersebut yaitu:
Mangara Robean menikah dengan Boru Sitohang dan memperoleh lima orang putra, yaitu (1) Tuan Sorimunggu, (2) Rumagorga, (3) Sigukguhi, (4) Rumaijuk, dan (5) Rumahole.
Tuan Sorimunggu menikahi Boru Sibuea dan Pinta Uli Boru Manurung serta memperoleh tiga orang putra, yaitu (1) Tunggal Nabolon, (2) Juara Monang/Tiang Ditonga, dan (3) Namora Solaosan. Kemudian Rumagorga menikahi Boru Sinaga dan memiliki tiga orang putra, yaitu (1) Guru Nabolon, (2) Bartong Nabolon, dan (3) Namora Tinungkum yang menikahi Siboru Marsinta Nauli Boru Saruksuk, putri dari Raja Manande Uhum Saruksuk. Lalu Sigukguhi menikahi Boru Sitohang dan memperoleh seorang putra yang bernama Sangga Niraru, dan Sangga Niraru memiliki tiga orang putra, yaitu (1) Raja Nilaingan, (2) Tuan Guntar yang dikabarkan merantau dan belum diketahui keberadaan beliau dan keturunannya, dan (3) Ompu Saor Debata yang menikah dengan Boru Debataraja, putri dari Nahum Dimana Simamora Debataraja. Adapun Rumaijuk menikahi Boru Nainggolan Batuara, putri dari Ompu Raja Mual Nainggolan Batuara dan memperoleh dua orang putra, yaitu Ompu Sahalana yang menikahi Boru Sihotang dan Ompu Lobu Tolong yang menikahi Siboru Hasudungan Boru Saruksuk, putri dari Raja Manande Uhum Saruksuk, Rumaijuk juga memiliki dua orang putri yaitu (1) Siboru Oloan yang menikah dengan Ompu Raja Diam Simanjuntak Mardaup, (2) Siboru Ulubalang yang dinikahi oleh Raja Ulubalang Simaremare. Kemudian Rumahole menikahi Boru Nainggolan Batuara, putri dari Ompu Raja Mual Nainggolan Batuara dan memperoleh seorang putra yang bernama Sangga Dipati/Marpati Raja, dan Sangga Dipati/Marpati Raja memiliki dua orang putra, yaitu Raja Hundul yang menikahi Siboru Sungkunon Boru Saruksuk, putri dari Ompu Barita Sonang Saruksuk dan Datu Panjaitan.
Mangara Dolok menikahi Boru Situmorang dan memiliki seorang putra yang bernama Rumabutar. Rumabutar/Namora Pujion menikahi Boru Pasaribu dan Boru Situmorang serta memperoleh lima orang putra, yaitu (1) Raja Paruma, (2) Raja Pareme, (3) Datu Napunjung/Raja Bolon Simumbolumbol, (4) Datu Soburion, dan (5) Tungkot Manodo.
Raja Paruma memiliki dua orang putra, yaitu Panimbuk Laut dan Raja Sungkunon, dan Raja Sungkunon memiliki lima orang putra, yaitu (1) Ompu Sampurna, (2) Ompu Tinumpahan, (3) Ompu Paniangan, (4) Raja Natangkang, dan (5) Tuan Guntur. Kemudian Raja Pareme menikahi Boru Sinambela dan memiliki tiga orang putra, yaitu (1) Ompu Manondang, (2) Ompu Pangindingan/Guru Sinanti, dan (3) Ompu Maimatahi. Lalu Datu Napunjung/Raja Bolon Simumbolumbol menikahi Boru Baringbing, Boru Situmorang, dan Boru Samosir serta memperoleh empat orang putra, yaitu (1) Saniang Naga Porhas yang menikahi Boru Sibagariang; (2) Saniang Naga Tunggal yang menikahi Boru Hutasoit; (3) Saniang Naga Laut yang menikahi Boru Simatupang; dan (4) Saniang Naga Pohan yang membawa marga Butarbutar dan menikahi Boru Baringbing, Datu Napunjung (Raja Bolon Siumbolumbol) juga memiliki seorang putri yang dinikahi oleh Ompu Ginjang Manubung Sihombing Lumbantoruan. Adapun Datu Soburion menikahi Boru Pasaribu dan memperoleh dua orang putra, yaitu Parbaga Laut yang menikahi Boru Nainggolan dan Raja Napadot yang menikahi Boru Situmorang. Kemudian Tungkot Manado menikahi Boru Sihombing dan memiliki tiga orang putra, yaitu (1) Manungsang Bosi, (2) Saruan Bosi, dan (3) Mangapit Bosi.
Tokoh
Beberapa tokoh yang bermarga Manalu, di antaranya adalah:
