Komisaris Eropa untuk Pertanian (2004–2010)

Pada tahun 2004, Fischer Boel menjadi Komisaris Uni Eropa untuk Pertanian. Selama masa jabatannya, ia mempersiapkan reformasi menyeluruh terhadap Organisasi Pasar Bersama untuk Gula atau sistem kuota gula Uni Eropa. Reformasi tersebut mencakup restrukturisasi sektor tersebut agar cukup kompetitif untuk bersaing di pasar yang semakin liberal.

Pada tahun 2008, ia menerima "European Taxpayers' Award" dari Asosiasi Wajib Pajak Eropa atas keputusannya menghapus subsidi ekspor untuk ekspor sapi hidup dari Uni Eropa, serta upayanya meningkatkan transparansi pembayaran pertanian.

Pada tahun yang sama, ia juga menerima penghargaan dari "Gerakan Eropa Denmark" sebagai “Tokoh Eropa Tahun Ini”.

Selain itu, pada tahun 2008 ia juga dianugerahi gelar "Kepribadian Anggur Tahun Ini" oleh "International Wine Challenge", yang menyatakan bahwa “kebun-kebun anggur keluarga mungkin sudah tercabut dan tradisi pembuatan anggur keluarga akan hilang jika bukan karena keberanian sang pahlawan wanita dari utara.”