Penerimaan siswa baru mengikuti jadwal penerimaan peserta didik baru untuk Sekolah Menengah Pertama di Kabupaten Bantul. Sebagaimana sekolah negeri pada umumnya, Madrasah Tsanawiyah Negeri Giriloyo juga menggunakan nilai Ujian Nasional sebagai standar utama seleksi. Selain nilai Ujian Nasional, aspek lain yang dipertimbangkan adalah prestasi akademik dan nonakademik pada jenjang sebelumnya.