Berikut adalah daftar madrasah tsanawiyah negeri di Daerah Istimewa Yogyakarta berdasarkan kabupaten/kota.

Kota Yogyakarta

• MTs Negeri 1 Yogyakarta

Kabupaten Gunungkidul

• MTs Negeri 1 Gunungkidul
• MTs Negeri 2 Gunungkidul
• MTs Negeri 3 Gunungkidul
• MTs Negeri 4 Gunungkidul
• MTs Negeri 5 Gunungkidul
• MTs Negeri 6 Gunungkidul
• MTs Negeri 7 Gunungkidul
• MTs Negeri 8 Gunungkidul
• MTs Negeri 9 Gunungkidul

Kabupaten Sleman

• MTs Negeri 1 Sleman
• MTs Negeri 2 Sleman
• MTs Negeri 3 Sleman
• MTs Negeri 4 Sleman
• MTs Negeri 5 Sleman
• MTs Negeri 6 Sleman
• MTs Negeri 7 Sleman
• MTs Negeri 8 Sleman
• MTs Negeri 9 Sleman
• MTs Negeri 10 Sleman

Kabupaten Bantul

• MTs Negeri 1 Bantul
• MTs Negeri 2 Bantul
• MTs Negeri 3 Bantul
• MTs Negeri 4 Bantul
• MTs Negeri 5 Bantul
• MTs Negeri 6 Bantul
• MTs Negeri 7 Bantul
• MTs Negeri 8 Bantul
• MTs Negeri 9 Bantul

Kabupaten Kulonprogo

• MTs Negeri 1 Kulon Progo
• MTs Negeri 2 Kulon Progo
• MTs Negeri 3 Kulon Progo
• MTs Negeri 4 Kulon Progo
• MTs Negeri 5 Kulon Progo
• MTs Negeri 6 Kulon Progo

Lihat pula

• Daftar madrasah aliyah negeri di Yogyakarta

Referensi

• Satuan kerja Kantor Kementerian Agama Kabupaten Slamen Diarsipkan 2016-10-24 di Wayback Machine.
• Daftar nama dan alamat madrasah tsanawiyah negeri/swasta Kabupaten Bantul Diarsipkan 2016-05-31 di Wayback Machine.
• Daftar SLTP di Kulonprogo^{[pranala nonaktif permanen]}
• Daftar Madrasah di Lingkungan Kantor Kementerian Agama Kota Yogyakarta^{[pranala nonaktif permanen]}
• Madrasah Negeri se-DIY^{[pranala nonaktif permanen]}