Karier arkeologi Warner diinterupsikan oleh masuknya Amerika Serikat ke dalam Perang Dunia II dan ia menjadi bagian dari Seksi Monumen, Seni Rupa Murni dan Arsip (bahasa Inggris:Monuments, Fine Arts and Archivescode: en is deprecated , disingkat MFAA) dari Angkatan Darat AS. Ia diangkat menjadi penasehat Seksi MFAA di Jepang dari April sampai September 1946.[2]
Ia dikenal karena menentang pengeboman api dan penggunaan bom atom di Kyoto, Nara dan kota-kota kuno lainnya untuk melindungi warisan kebudayaan Jepang. Terdapat monumen yang didirikan di Kyoto, Hōryū-ji (di luar bagian barat kuil Hōryū-ji), dan Kamakura (di luar Stasiun Kamakura) dalam menghormati alasan tersebut. Namun, Otis Cary berpendapat bahwa alasan melindungi situs warisan kebudayaan Jepang bukan berasal dari Langdon melainkan Sekretaris Perang AS, Henry L. Stimson.[3]
Karya besar
The Long Old Road in China (1926)
The Craft of the Japanese Sculptor (1936)
Buddhist Wall-Paintings: A Study of a Ninth-Century Grotto at Wan Fo Hsia (1938)
The Enduring Art of Japan (1952)
Japanese Sculpture of the Tempyo Period: Masterpieces of the Eighth Century (1959)