Kabupaten Ainaro adalah sebuah bekas kabupaten yang pernah berdiri di provinsiTimor Timur, Indonesia pada masa integrasi dahulu, antara tahun 1976-1999. Setelah Timor Timur lepas dari Indonesia, daerah definisi Kabupaten Ainaro dilanjutkan oleh Distrik Ainaro dengan pusat pemerintahan berada di Kota Ainaro.
