Balkenende memulai kariernya sebagai staf institut penelitian dari Partai Christen Democratisch Appel (CDA) dan sebagai anggota Dewan Kota di Amstelveen. Ia kemudian menjadi profesor khusus dalam "Pemikiran Sosial Kristen" di Vrije Universiteit di Amsterdam. Ia pertama kali masuk Tweede Kamer (Majelis Rendah) Parlemen Belanda pada 19 Mei1998, sementara CDA menjadi oposisi. Ia menjadi juru bicara keuangan CDA dan juga terlibat dalam urusan sosial, keadilan, dan urusan dalam negeri. Dalam perannya ini, ia menyarankan pengurangan hutang nasional dan keuangan publik yang sehat.
Ia adalah Ketua CDA terpilih untuk bidang Parlemen pada 1 Oktober2001 yang menggantikan Jaap de Hoop Scheffer. Pada 3 November2001, ia diangkat menjadi lijsttrekker (urutan pertama dalam daftar calon) untuk CDA pada pemilihan parlementer (Mei2002). Pemilihan ini menjadi historis ketika Pim Fortuyn, seorang calon dari sayap kanan, ditembak mati dan kampanye pemilihan dihentikan. Hasil pemilihan ini memulihkan posisi CDA sebelumnya sebagai partai politik terbesar di Parlemen Belanda.
Pada 4 Juli2002, Ratu Beatrix meminta Balkenende untuk membentuk pemerintahan baru, sehubungan dengan mundurnya Perdana MenteriWim Kok. Kabinet ini dikenal sebagai Balkenende I. Pemerintahan ini (termasuk Partai LPF, partai Pim Fortuyn yang terbunuh) jatuh hanya setelah 86 hari berkuasa karena pertikaian internal LPF yang mengguncangkan pemerintahan. Setelah pemilihan lebih awal pada tahun 2003, Balkenende membentuk kabinet keduanya, Balkenende II, dengan kaum liberal VVD dan liberal progresif D66.
Kembali ke koalisi tengah-kanan. Kebijakan Balkenende dipusatkan pada sekitar pembaruan pelayanan publik Belanda, pengurangan kejahatan, kebijakan imigrasi yang keras, dan pengurangan belanja publik yang besar. Langkah-langkah tersebut menimbulkan kemarahan masyarakat dan hasil buruk dalam pengumpulan jajak pendapat untuk partai CDA. Sekalipun demikian, partainya tetap merupakan delegasi Belanda terbesar di Parlemen Eropa setelah Pemilihan Eropa, mengalahkan dugaan umum bahwa partainya akan kalah besar di kursi Parlemen. Pada 1 Juli 2004 ia mendapat giliran menjabat presiden Uni Eropa.
Balkenende tinggal bersama istrinya, Bianca Hoogendijk, dan anak perempuannya, Amelie, di Capelle aan den IJssel. Ia menyewa sebuah apartemen di Den Haag yang menimbulkan kehebohan politik karena biayanya 9.000 euro sebulan, sementara rumah jabatannya sebagai perdana menteri, Catshuis, direnovasi. Hanya beberapa bulan setelah Balkenende memegang jabatan, lantai pertama Catshuis terbakar, sehingga kembali harus direnovasi.
Trivia
Balkenende sering kali dijuluki Harry Potter oleh rakyat Belanda karena penampilannya mirip dengan tokoh buku cerita itu. Pada 4 Juni2005 perbandingan ini dibuat oleh Menteri Luar Negeri Belgia, Karel de Gucht dalam koran "Het Laatste Nieuws" (Berita Terkini). Hal ini menimbulkan kontroversi diplomatik kecil, dan duta besar Belgia harus meminta maaf kepada Bernard Bot, Menteri Luar Negeri Belanda. De Gucht mengatakan bahwa "Balkenende adalah perpaduan antara Harry Potter dan mentalitas borjuis yang kaku."
Ia memulai tugasnya sebagai perdana menteri sejak 22 Juli2002, mengepalai kabinet pertama dan kedua. Belanda melaksanakan pemilihan umum kedua dalam waktu kurang dari setahun. Pemilu yang dilaksanakan pada 22 Januari2003 mengusung kembali Jan Peter Balkenende sebagai perdana menteri.