Atas permintaan kelompok pejuang hak kaum gay, Verhagen meminta Nuncio untuk Belanda, Monsignor François Bacqué, menanggapi tuduhan bahwa gereja menentang hak kaum homoseks [2] Ia kemudian menunjukkan keprihatinan atas dicabutnya ekskomunikasi atas uskupRichard Nelson Williamson, anggota Perhimpunan Santo Pius X yang kontroversial.[3]