1990s and 2000s

Klub baru itu bernama KRC Genk dan karena mempertahankan peringkat Winterslag, klub itu dimulai di divisi pertama tetapi berakhir di urutan terakhir. Tahun berikutnya Genk berhasil memenangkan babak final di divisi 2 dan kemudian bermain 4 musim di divisi pertama. Pada tahun 1995 klub menyewa Aimé Anthuenis sebagai pelatih dan Racing menempati posisi kedua dan melewatkan babak final saat dua tim divisi pertama bergabung (Seraing dan Standard Liège). Setelah tempat kedelapan pada tahun 1997, klub memiliki musim 1997-98 yang baik dengan kemenangan piala dan tempat kedua di kejuaraan. Di musim Eropa pertamanya, Racing Genk tersingkir berturut-turut Apolonia Fier dan MSV Duisburg tetapi kalah dari Mallorca di babak 16 setelah dua kali seri (agregat 1-1) di Piala Winners terakhir yang pernah ada. Musim berakhir dengan baik ketika Genk memenangkan kejuaraan Belgia pertamanya pada bulan Mei, dengan manajer Aimé Anthuenis kemudian pindah ke Anderlecht.

Genk bermain di Liga Champions UEFA pada 1999-2000 tetapi kalah di babak kualifikasi kedua dari Maribor. Musim diselamatkan dengan memenangkan Piala Belgia lagi, kali ini untuk Standard, tetapi Genk mengakhiri kejuaraan di tempat ke-9. Itu selesai 11 di musim berikutnya dan kalah di putaran kedua Piala UEFA untuk Werder Bremen setelah menang melawan FC Zürich. Setelah mantra buruk ini, Genk berhasil memenangkan kejuaraan sekali lagi di musim 2001-02. Pada 2002-03, mereka mencapai babak grup Liga Champions untuk pertama kalinya dalam sejarah mereka. Meskipun mereka berada di urutan ke-4, mereka membuat penggemar terkesan dengan hasil imbang melawan Real Madrid, Roma dan AEK Athens.

Pada musim 2006-07, Genk menempati posisi kedua di belakang Anderlecht. The Limburgers memimpin hampir sepanjang musim tetapi kalah dari Germinal Bierschot dan kemudian dari Anderlecht. Musim 2007-08 adalah bencana sebagai Genk gagal menyelesaikan bagian atas divisi dan selesai di tempat 10 mengecewakan.

Tiga musim buruk menyusul. Genk menyelesaikan musim 2007-08 dengan 45 poin dan di tempat ke-10 di liga: hasil terburuk mereka dalam tujuh tahun. Musim 2008-09 juga buruk untuk Genk, finis di urutan ke-8 di liga. Musim berakhir dengan catatan positif dengan mereka memenangkan Piala Belgia, yang memberi mereka tiket ke babak kualifikasi Liga Europa keempat. Musim 2009-10 dimulai dengan buruk ketika mereka tersingkir dari Liga Europa oleh Lille. Segalanya tidak berjalan dengan baik di liga domestik. Manajer Hein Vanhaezebrouck dipecat pada bulan Desember dan digantikan oleh Franky Vercauteren. Genk finis di urutan ke-11, tetapi Vercauteren berhasil memimpin klub ke sepak bola Eropa dengan mengalahkan rival derby Sint-Truiden di final Play-off II.

2010s

Musim 2010-11 dimulai dengan baik bagi KRC Genk ketika mereka mengalahkan Inter Turku 1-5 di Finlandia. Mereka mencapai babak kualifikasi 4 Liga Europa dan bermain imbang dengan klub Portugal Porto. Genk kalah dalam kedua pertandingan melawan Porto meskipun dua penampilan bagus.

Pada 30 Januari 2010, KRC Genk mengumumkan bahwa pelatih Franky Vercauteren menandatangani kontrak baru yang berlangsung hingga Juni 2013.

Mereka hanya kalah di pertandingan pertama musim ini pada matchday ke-20 dan memulai Play-off di tempat kedua. Klub ini memenangkan Liga Pro Belgia 2010–11 setelah bermain imbang 1-1 dengan penantang gelar Standard Liége. Ini adalah kemenangan liga ketiga KRC Genk dalam sejarahnya dan para pendukungnya merayakannya dengan menyerbu lapangan tepat setelah peluit akhir.

Pada 11 Agustus, pelatih Frank Vercauteren mengonfirmasi bahwa dia meninggalkan Genk dan menandatangani kontrak dengan klub Abu Dhabi Al-Jazira. Pada Babak Kualifikasi ke-3 Liga Champions UEFA 2011–12 KRC Genk mengalahkan FK Partizan dalam dua leg dan bermain imbang dengan Maccabi Haifa di Babak play-off. Maccabi Haifa mengalahkan Genk 2-1 di leg pertama di Israel, sedangkan leg kedua dimenangkan oleh Genk dengan skor 2-1 yang sama di Belgia. Selama adu penalti, kiper László Köteles membantu Genk lolos dengan menyelamatkan dua penalti. Untuk kedua kalinya dalam sejarahnya, KRC Genk mencapai babak grup Liga Champions UEFA. Mereka tergabung di Grup E bersama Chelsea, Valencia, dan Bayer Leverkusen.

Pada akhir Agustus 2011, Mario Bean diumumkan sebagai direktur baru. Kampanye Liga Champions adalah serangkaian pasang surut. Genk memiliki rekor 1-1 melawan Chelsea dan Bayer Leverkusen dan bermain imbang tanpa gol melawan Valencia. Jauh dari rumah, Genk kehilangan semua tiga pertandingan. Musim liga junior sama sulitnya dengan Genk finis keenam di liga reguler dan lolos ke babak playoff. Namun, di babak playoff, Genk mulai bermain lebih baik dan finis ketiga. KRC Genk, yang menempati posisi ke-3, melaju ke babak kualifikasi ke-3 Liga Europa.

Musim 2012–13 dimulai dengan baik untuk Genk dengan lolos ke babak grup Liga Europa setelah mengalahkan Aktobe dan FC Luzern. Di babak penyisihan grup ini KRC Genk tampil sangat baik dan akhirnya menjadi juara grup tanpa satu pun kekalahan. Genk selesai pertama dengan tiga poin lebih dari Basel dan dengan demikian, lolos ke babak berikutnya di mana mereka menghadapi VfB Stuttgart. Ini adalah pertama kalinya dalam sejarah klub mereka bermain sepak bola Eropa setelah Natal. Stuttgart mengalahkan Genk dalam dua pertandingan. Di liga, Genk lolos ke babak play-off dan tampil bagus sampai gelar di luar jangkauan; tempat kelima adalah hasilnya. Genk mengakhiri musim mereka dengan catatan positif dengan memenangkan Piala Belgia. Mereka mengalahkan Cercle Brugge di final, di depan 30.000 penggemar Genk.

Pada musim 2016-2017, Genk berpartisipasi di Liga Europa UEFA. Dia mulai bermain di babak kualifikasi kedua dan maju ke babak kualifikasi ketiga (21 Juli 2016) dan play-off (4 Agustus 2016)[8]. Mereka pulang ke Athletic Bilbao, Rapid Wien dan Sassuolo untuk memenangkan grup mereka dengan 3 kemenangan dan setelah mengalahkan Astra Giurgiu (2-2, 1-0) di babak kedua, imbang dengan KAA Gent internal Belgian Pro League dan dua hasil imbang GentGenk yang kacau balau .direkam. Kemenangan tandang 2-5 yang mengesankan dengan GenkGent. Meskipun Genk kalah dari Celta de Vigo di perempat final (3-2, 1-1), itu adalah musim paling sukses Genk di Eropa.

Genk memenangkan Divisi Pertama Belgia 2018-19 untuk keempat kalinya dalam sejarah, lolos ke Liga Champions UEFA 2019-20 setelah absen selama delapan tahun.

Genk memulai kampanye Liga Champions UEFA 2019-20 mereka dengan kekalahan 6-2 yang buruk melawan klub Austria Red Bull Salzburg. Di pertandingan kedua mereka bermain imbang 0-0 melawan Napoli, dan di pertandingan ketiga mereka kalah 1-4 melawan Liverpool.