Tahun-tahun awal (1912–1945)
Organisasi ini menelusuri akarnya ke Federasi Olahraga Kroasia (Hrvatski športski savez), yang didirikan pada tanggal 8 Oktober 1909 di Zagreb, pada saat Kroasia masih menjadi bagian dari Austria-Hungaria. Federasi ini mengatur semua cabang olahraga di negara tersebut dan presiden pertamanya adalah Hinko Würth yang merupakan ketua klub sepak bola HAŠK. HNS saat ini menganggap tanggal pendiriannya adalah 13 Juni 1912, ketika bagian sepak bola dari Federasi Olahraga Kroasia didirikan, dan ketuanya, Milovan Zoričić, sebagai presiden pertamanya.[1]
Setelah Perang Dunia I dan pembubaran Austria-Hungaria, perwakilan dari Građanski, HAŠK, Hajduk Split dan Concordia bertemu di Zagreb pada 14 April 1919 dan mendirikan Asosiasi Sepak Bola Yugoslavia (Jugoslavenski nogometni savez) sebagai penerus seksi sepak bola Federasi Olahraga Kroasia, dan ditunjuk Hinko Würth sebagai presidennya.[1] Organisasi ini kemudian menjadi organisasi utama sepak bola di Kerajaan Yugoslavia dan kemudian mendirikan kompetisi Liga Pertama Yugoslavia, kompetisi nasional pertama di seluruh negeri yang awalnya diadakan dalam format piala. Lima sub-federasi regional lainnya juga dibentuk (berbasis di Beograd, Ljubljana, Sarajevo, Split dan Subotica), masing-masing mengatur turnamen regional sendiri dengan pemenang yang lolos ke kejuaraan nasional.
Pada tahun 1929, menyusul perselisihan antara sub-federasi Zagreb dan Beograd, Asosiasi Sepak Bola Yugoslavia dibubarkan. Kemudian didirikan kembali pada Mei 1930 di Beograd, kali ini dengan nama berbahasa Serbia Fudbalski savez Jugoslavije. Asosiasi yang berbasis di Beograd kemudian terus menyelenggarakan liga nasional hingga tahun 1939, ketika Banovina dari Kroasia dibentuk sebagai wilayah administratif di Kerajaan Yugoslavia. Pada tanggal 6 Agustus 1939 Federasi Sepak Bola Kroasia (Hrvatski nogometni savez atau HNS) didirikan sebagai badan pengatur sepak bola di provinsi yang baru dibentuk,[1] dan klub-klub Kroasia dan Slovenia segera mulai meninggalkan Liga Yugoslavia untuk bergabung dengan Liga Sepak Bola Kroasia-Slovenia yang dikelola HNS sebagai protes atas dugaan sentralisasi olahraga di sekitar Beograd. Perpecahan ini akhirnya diperbaiki dengan janji peningkatan jumlah klub Kroasia dan Slovenia di liga, dan karena itu liga sepuluh putaran yang dipersingkat dimainkan di Yugoslavia Liga Pertama 1939–40. Pada tahun 1940 HNS juga berperan dalam menyelenggarakan pertandingan tim nasional sepak bola Kroasia yang pertama yang memainkan empat pertandingan persahabatan internasional antara bulan April dan Desember 1940. Namun federasi tersebut belum diakui oleh FIFA karena Kroasia pada saat itu masih merupakan provinsi Yugoslavia.
HNS di Yugoslavia (1945–1990)
Setelah berakhirnya Perang Dunia II, Kroasia menjadi bagian dari SFR Yugoslavia dan Asosiasi Sepak Bola Yugoslavia yang berbasis di Beograd yang kemudian mengambil alih sebagai badan pengatur sepak bola utama. Selain itu, pemerintahan komunis yang baru mengeluarkan dekrit pada tahun 1945 yang secara efektif membubarkan semua klub sepak bola yang aktif selama perang sebagai bentuk hukuman atas partisipasi mereka dalam kejuaraan sepak bola yang dikelola fasis. Antara lain, pusat-pusat kekuatan yang berbasis di Zagreb Concordia, HAŠK dan Građanski semuanya tidak ada lagi, properti mereka dinasionalisasi, dan beberapa klub lainnya, terutama Dinamo Zagreb yang dibentuk untuk menggantikan mereka. Di sisi lain, Hajduk Split terhindar karena para pemain mereka melarikan diri dari kota asal mereka yang diduduki Italia di Split selama Perang Dunia II dan bergabung dengan Partisan Yugoslavia pada tahun 1944. Oleh karena itu, Hajduk Split adalah satu-satunya klub besar Kroasia yang dapat mengklaim kesinambungan sejak didirikan pada tahun 1911.
