Inspektorat Jenderal mempunyai tugas menyelenggarakan pengawasan intern di Kementerian Kesehatan sesuai dengan ketentuan peraturan perundang-undangan. Dalam melaksanakan tugas, Inspektorat Jenderal menyelenggarakan fungsi:
penyusunan kebijakan teknis pengawasan intern di lingkungan Kementerian Kesehatan;
pelaksanaan pengawasan intern di lingkungan Kementerian Kesehatan terhadap kinerja dan keuangan melalui audit, reviu, evaluasi, pemantauan, dan kegiatan pengawasan lainnya;
pelaksanaan pengawasan untuk tujuan tertentu atas penugasan Menteri;
penyusunan laporan hasil pengawasan di lingkungan Kementerian Kesehatan;
pelaksanaan administrasi Inspektorat Jenderal; dan
pelaksanaan fungsi lain yang diberikan oleh Menteri.[1]